组蛋白修饰及转录因子对染色质开放性影响的量化分析

来源 :上海交通大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jojoy9912004
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DNA酶I超敏感位点是对于DNA酶I的水解异常敏感的染色质区域,这些区域大多位于有活性的基因和顺式调节元件上。传统上,这些区域被认为是开放染色质,而且对于很多重要的生物学活动,比如基因转录,DNA复制,细胞分化等,都有很重要的生物学作用。现在,人们已经知道,很多染色质上的生物学特征,比如组蛋白修饰、转录因子的结合对于染色质的开放性以及超敏位点的形成都有很重要的作用。在本研究中,我们对整个基因组上DNA酶I超敏感位点区域染色质的开放性与组蛋白修饰、转录因子的结合之间的关系,做了一下深入的分析。我们发现对于这些基因组上的特征而言,不同的特征对于染色质开放区域的偏爱是不同的。为了阐明它们之间确定的量化关系,我们利用这些基因组上的特征,构造了统计学模型直接去预测基因组的开放性程度,我们发现组蛋白修饰和转录因子的结合都能对基因组的开放性有很好的预测。而且,我们的结果也证实,这些特征之间是高度冗余的,只需要一小部分的特征就可以得到一个比较高的预测准确度。我们的研究为DNA酶I超敏位点上确切存在的生物学现象以及基因组上不同特征之间的组合效应对染色质超敏感性的影响,提供了新的视角,并且为这个领域的未来研究也指出了一些可行的研究方向。
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