泛北部湾区域经济合作面临一个问题，即区域内各国经济发展具有明显的非均衡性。如何解决经济发展的非均衡性促进区域内各国经济合作的深入开展，金融合作是必然之选。但泛北部湾区域金融合作面临着和经济合作同样的窘境就是金融发展的非均衡性，如何解决金融发展中的非均衡性问题，以促进泛北部湾经济区经济合作顺利进行，将是泛北经济区发展中亟待解决的问题。　　 本文认为要解决泛北部湾经济区金融发展的非均衡性问题，可以通过金融结构的优化与升级得以实现。文章从泛北部湾经济区金融发展状况、金融市场结构和金融资产结构的现状出发，找到各国金融结构发展中的短缺之处。并运用DEA模型的Malmquist测算方法对泛北部湾经济区1999-2008年金融结构运行效率进行了测算。研究认为，泛北部湾经济区各国金融结构运行效率低下，且呈现递减的趋势，主要原因是泛北部湾经济区纯技术效率与规模效率普遍偏低，并容易受到国际金融形势的影响。另外，文章认为要解决泛北部湾经济区金融发展的非均衡性以促进金融合作，必须通过对泛北部湾经济区各国进行梯度划分，以明确不同梯度国家在实现金融结构优化时不同时期金融合作的责任与义务，通过金融合作促进金融与经济的发展。鉴于此，各国应该加大技术创新力度，加强人才资源的培养与交流。优化金融结构时分阶段分层次的进行:短期，高梯度国家帮助中、低梯度国家建立政府主导的金融结构;中期，高梯度国家帮助中低梯度国家实现政府主导向市场主导的过度;长期，建立和完善泛北部湾经济区金融合作保障促进体系。