山茱萸不同栽培品种的rDNA ITS序列分析

来源 :河南中医学院 河南中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:pinkoath
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本实验为进一步研究不同果型山茱萸在分子水平的差异,收集了河南、浙江、陕西等主产地山茱萸各品种的叶片标本,用设计的引物扩增后分别测序,获得完整序列11份。主要结果如下: 1.在实验室确定的改良的CTAB法的基础上,对提取条件又进行了改进,建立了符合ITS序列分析的总DNA的提取方法,该法从1.0g山茱萸叶片中提取的总DNA收率为230μg/g~1499μg/g,经过琼脂糖电泳检测,紫外吸收检测表明,提取的总DNA杂质少、质量好,ITS扩增效果良好。 2.对扩增反应体系和温度循环参数进行了优化: (1)50μl反应体系:其中10×buffer5μl,dNTP(2.5mM)6.0μl,Mg2+(25mM)6.0μl,引物(10μM)5μl,模板DNA(230μg/g~1499μg/g)6μl,Taq酶(5U/μl)2.5μl,去离子水14.5μl。扩增产物在1×TAE电泳缓冲液中用0.7%琼脂糖凝胶电泳,电泳完毕用0.5μg/ml的EB染色,拍照。 (2)扩增程序:94℃预变性8min,94℃变性,1min,50℃退火,1min,72℃延伸,1min30sec,共35个循环。72℃10min补齐。其中变性94℃到退火50℃的降温和退火50℃到延伸72℃的升温均采用快速升降温。 3.利用软件Primerpremier5.0设计的一对ITS引物对所有样品进行扩增,扩增产物用DNAGelExtractionKit(AxyPrepTM)凝胶回收试剂盒纯化,送上海英骏生物技术有限公司,采用3730型测序仪测序。 4.测序结果采用DNAssistversion2.0和VectorNTIsuite7分析比对,获得了山茱萸ITS完全序列,ITS1为253bp,5.8S为156bp,ITS2为273bp,总共682bp。7种果型的山茱萸其5.8S基因序列显示高度的一致性,圆柱形果型、长梨形果型、椭圆形果型和纺锤形果型的ITS区序列完全一致,短圆柱形果型在ITS1区3端及ITS2区5端各有1个变异位点;短梨形果型在ITS1区5端有3个变异位点;长圆柱形果型在ITS1区有5个碱基不一致。提示不同果型的山茱萸在ITS区存在变异位点,为山茱萸的在分子水平的分析提供了理论依据。
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