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放线菌能够产生抗生素、酶及酶抑制剂等,对当代医药工业的发展做出了重大贡献,然而,随着对陆生放线菌资源的长期开发和利用,从陆生放线菌中发现新药物变得越来越困难,人们纷纷将目光投向海洋。本文采用现场分离及样品富集后涂板分离的方式,对大洋27航次西太平洋样品中可培养放线菌的多样性进行了研究。 采用三种样品预处理方法配合八种培养基对样品进行分离,其中 DDC法第一步和第三步处理液对菌株的分离效果较好,甘油精氨酸培养基和棉籽糖-组氨酸培养基是本次分菌中的优良培养基。从16个不同的样品中共分离获得80株海洋放线菌,序列分析表明这80株海洋放线菌分属于放线菌门4个亚目,13个科下的20个属,即Cellulosimicrobium(纤维菌属,4株)、Isoptericola(白蚁菌属,4株)、Cellulomonas(纤维单胞菌属,3株)、Ornithinimicrobium(鸟氨酸微菌属,3株)、Janibacter(两面神菌属,1株)、Curtobacterium(短小杆菌属,1株)、Leucobacter(无色杆菌属,1株)、Yonghaparkia(未译,1株)、Agrococcus(土壤球菌属,1株)、Microbacterium(微杆菌属,5株)、Brachybacterium(短状杆菌属,4株)、Micrococcus(微球菌属,3株)、Nesterenkonia(涅斯捷连科氏菌属,4株)、Brevibacterium(短杆菌属,4株)、Streptomyces(链霉菌属,17株)、Nocardiopsis(拟诺卡氏菌属,4株)、Nocardioides(类诺卡氏菌属,2株)、Dietzia(迪茨氏菌属,8株)、Rhodococcus(红球菌属,9株)及Gordonia(戈登氏菌属,1株)。建立在序列比对及系统发育分析基础上,菌株f23、sd2、y32、f10和my13与模式菌株的最高16S rDNA序列相似性均低于97%,可能是潜在的新种或新属。 以16S rDNA相似性≥97%为标准进行OTU划分,所分离的80株放线菌可分为32个OTU,选取代表性菌株进行生物活性筛选和功能基因扩增。功能基因检测结果表明PKSI、PKSII和NRPS三种功能基因在海洋放线菌中广泛存在,其中 PKSI型功能基因的阳性扩增率为39.4%,主要分布在 Brevibacterium、Streptomyces和Rhodococcus属;PKSII型功能基因的阳性扩增率为27.3%,主要分布在Brevibacterium、Nocardiopsis属;NRPS型功能基因的阳性扩增率为57.6%,主要分布在 Rhodococcus、Streptomyces、Nocardiopsis和Brachybacterium属;2株放线菌含有三类功能基因,分别属于Brevibacterium和Nocardiopsis属。TLC层析实验结果表明,33株菌中有18株其发酵萃取物所含组分较多,有11个不同属的11株菌在碘染反应中表现活跃;有8个不同属的8株菌在硫酸染色反应中表现活跃;有5个属在碘化铋钾反应中表现活跃,其中Dietzia属中2株菌均在此反应中分层较多;另外,有2株菌在3种染色反应中均很活跃,它们分别属于Cellulomonas、Streptomyces属。抑菌试验结果表明,三分之二的实验菌株产生了抑菌圈,其中,有11个菌属对枯草芽孢杆菌产生了拮抗作用,Brachybacterium、Nesterenkonia、Nocardiopsis和Rhodococcus属表现尤其活跃;有8个属对金黄色葡萄球菌产生抑菌效果,其中Dietzia和Streptomyces属产生抑菌效果的菌株较多,另外,有5个不同属的5株菌对溶藻弧菌产生拮抗作用,总体来说,能够与枯草芽孢杆菌产生拮抗作用的菌株较多,抑制溶藻弧菌的菌株较少。 综上所述,本文对西太平洋放线菌进行了分离筛选,得到了多样性很高的放线菌菌株,丰富了西太平洋放线菌菌种资源库,部分具有良好抑菌活性和较高功能基因丰富度的放线菌将为后续活性化合物的分离提供依据,为深海放线菌资源的进一步开发利用奠定基础。