为了适应知识经济时代的挑战与把握新的机遇，世界各国逐渐加强科技政策的编制与实施。作为知识经济源头的基础研究已经成为各国重点关注领域。尽管我国自改革开放后相继出台了多项相关政策和措施来提高我国科技实力，但我国科技创新能力仍处于较低的水平，目前我国科学技术发展对经济增长的贡献仍不明显，与发达国家之间的差距也越来越大。近年来国家和地区政府不断地加大对大学在基础研究中的投入，而伴随着各项资源的大量投入，大学的绩效评估也被提到了新一轮的研究议程，受到社会各界的广泛关注。校企合作是我国开展产学研合作的开始，也是产学研合作的主要组成部分。本文以我国985高校为研究对象，以39所大学发表的SCIE论文为数据样本，从产出变迁、影响力变迁以及合作研究这三方面分析我国大学校企合作特征。然后，引入潜在类别分析模型，对我国大学校企合作创新模式进行分类，并根据39所大学对分类属性回答的倾向性进行二次分类，总结我国大学校企合作协同创新模式的类别。本文通过研究发现，在SCIE论文产出规模层面上，尽管我国大学在基础研究领域上进行产学研合作的强度越来越大，但与世界级大学存在着较大的差距；在合作研究层面上，我国大学在基础研究领域上逐渐开展多方合作的研究模式，能力越强的大学越倾向于参与校企合作；并且参与国际合作的程度也越来越高，国际合作对象主要为美国学者，其次为日本、英国；在影响力研究的层面上，我国大学发表在SCIE期刊上的合作论文的质量在不断地提高，个别大学发表的论文影响力也在不断的增强，但我国大学论文的平均影响力仍处于较低的水平。本文运用潜在类别分析方法（LCA）对我国大学校企合作的协同创新模式分类进行了实证研究，基于BIC指标得出了潜在类别数目为六的最佳适配模型。进一步地，本文根据六个潜在列表在分类属性上的回答倾向进行二次分类，从协同资源和影响绩效两个维度划分出四种协同创新模式，并对39所大学进行了划分。论文的研究成果不仅丰富了我国校企合作研究，还给政府未来对校企合作的资源分配提供了参考意义。