专利侵权举证困难问题一直困扰着我国法律实务界和学术界。近年来,国家从顶层设计的高度提出了着力解决知识产权举证困难的改革目标,对其中的专利侵权举证困难问题尤其重视。方法专利因其保护对象的特殊性,举证困难问题格外突出。而且作为一种包容力极强的保护方式,方法专利还可以保护涉及计算机程序的新兴前沿技术,因此需要重点关注。文章各个部分的重点内容如下:第一部分,主要介绍了国内外方法专利侵权判定和赔偿数额举证问题的研究现状。并说明了本文的研究方法和创新之处。第二部分,重点介绍了举证责任制度对方法专利侵权的适用。首先,论述了方法专利侵权诉讼举证在实体法和程序法上的要求,指出专利制度与民事诉讼法之间的涵摄关系。其次,按照时间先后顺序,将方法专利划分为了传统方法专利和涉计算机程序方法专利,分别论述其举证责任制度。作出这样划分是为了引起读者对涉计算机程序方法专利的重视。作为一种新近才被接受的方法专利,明确计算机程序的可专利性和涉计算机程序方法专利面临的举证问题是很有必要的。第三部分,着手对方法专利侵权诉讼举证面临的困难及其原因进行分析。先一般性地分析了专利方法举证存在的证据距离问题、被控侵权人侵权抗辩与技术秘密保护法益冲突的问题。在此之后,论述了涉计算机程序方法专利面临的特殊问题:一是因法律概念边界不清导致其难以获得延伸保护的问题,二是因一些原则适用僵化导致的分离式侵权判定困难和跨境侵权判定困难问题。最后,论述了专利侵权赔偿数额举证困难及其成因:一是举证规则的完全法定对专利侵权诉讼这一特殊诉讼在举证方面的应对不足,二是获益数额证明高度依赖被控侵权人账簿资料。第四部分,主要介绍了专利侵权诉讼举证困难的对策。对于传统方法专利侵权举证面临的证据距离和法益冲突问题,提出应分别采取完善证据妨碍制度和充分发挥研发证据在侵权抗辩中作用的解决之道。而对于计算机程序专利侵权举证面临的延伸保护不足,以及分离式侵权判定困难和跨境侵权判定困难问题,则提出要对应采取扩大解释专利法意义上的“产品”概念,以及对涉及的法律原则作实质化判定的对策:适用“二阶层理论”,区分事实判断和法律判断。最后,对于专利侵权赔偿数额举证困难的问题,一是主张完善举证规则的法律体系,包括引入举证规则意思自治,降低证明标准并设置抗辩标准。二是提出引入审计证据和公信证据证明获益数额,以化解获益数额证明高度依赖被控侵权人账簿资料的问题。