2006年党中央、国务院发布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》及其实施配套政策较完整地提出了我国自主创新的政策体系。然而随着我国于2007年启动《政府采购协议》谈判,进一步融入WTO多边贸易体系,自主创新政策与WTO的摩擦不断。本文以此为背景,以自主创新政策合理性分析为基础,从我国自主创新政策体系和WTO相关规则分析出发,探讨了WTO框架下我国自主创新政策的选择空间,并提出了政策建议。本文认为,自主创新政策对我国而言合理必要,有现实需求,但作为WTO成员和发展中大国,我国应当在WTO框架下妥善部署政策措施。对于补贴类政策,采取多种补贴措施配套支持自主创新的同时,通过规避或弱化补贴措施的“专向性”、降低可诉补贴的“可诉性”以减小遭受反补贴调查的风险。对于政府采购类政策,要有效利用谈判期和过渡期进行政策缓冲,严守出价清单中的战略主体和产品,合理控制我国政府采购市场开放程度,并借鉴欧美发达缔约方的谈判和履约经验,实现自主创新与WTO的双赢。