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鸡传染性支气管炎(infectious bronchitis,IB)是鸡的一种急性、高度接触性传染的病毒性呼吸道疾病。鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)的基因组易发生变异和重组,导致基因型和血清型的复杂多样,且血清型间交叉保护性效果不理想,给养鸡业造成了严重的经济损失。IBV流行株的优势基因型和血清型具有地域差别,因此及时了解本地区IBV流行株的基因变异和抗原变化,对防控该病具有非常重要的现实意义。本研究在课题组研究基础上,持续对2015-2017年广西IBV流行株的基因型和血清型进行跟踪研究,旨在了解近年广西IBV流行株的遗传变异情况,并为生产上疫苗的选择及新疫苗的研发提供依据。首先,通过RT-PCR和鸡胚接种从疑似患IB的病鸡中分离并鉴定出19个IBV分离株,并对其四个结构基因S1、E、M和N进行基因扩增与序列测序。分别应用分子生物学软件MegAlign、MEGA5.0、RDP4、NetOGlyc 4.0 Server 和 Datamonkey 对 19 个 IBV 毒株的相似性、进化树、重组、O-糖基化位点和选择压力进行分析。测序结果表明19个IBV分离株的S1、N、M和E基因片段长度分别为1611～1638 bp、1230bp、675～681bp、327～333 bp;与疫苗株H120比较,S1基因氨基酸广泛存在插入、缺失和替换现象,且变异集中在S1基因的三个高变区;M和E基因只在少数位点存在氨基酸的插入和缺失现象,而N基因仅有氨基酸的替换现象。相似性分析结果表明S1、N、E和M基因相似性分别为69.0～100.0%、90.5～100.0%、79.0～100.0%、90.2～100.0%。S1基因系统进化树结果表明,19个IBV分离株可分为6个基因型,其中4/91-type和Mass-type均为优势基因型;N、M和E基因系统进化树结果表明,19个IBV分离株可分为4、4和3个基因型,优势基因型均为LX4-type,与S1基因不完全平行。重组分析结果显示,19个IBV分离株的四个结构基因内部均无重组现象。O-糖基化位点分析结果显示,19个IBV分离株的S1和E基因没有糖基化位点,N基因只有毒株GX-NN170829在415 Y处有一个糖基化位点;M基因也仅有毒株GX-YL150727在4 T处有一个糖基化位点。选择压力分析结果表明:四个结构基因中均存在多个有正向选择位点,但没有三种分析模式共同的氨基酸变异位点。综上所述,19个分离株的四个结构基因均发生了不同程度的变异,且基因的进化并不完全平行。其次,通过本课题组已鉴定的7种不同血清型的单因子血清,对19个分离株进行中和试验鉴定其血清型。结果显示19个分离株可分为 6 种血清型。7 个分离株(GX-NN150019、GX-YL161022、GX-YL170717、GX-QZ170728、GX-YL170805、GX-NN170825、GX-QZ171023)属于血清2型;2个分离株(GX-YL150028和GX-NN171108)属于血清 3 型;3 个分离株(GX-YL150619、GX-YL161015、GX-YL170808)属于血清4型;4个分离株(GX-QZ150024、GX-NN170829、GX-NN170901、GX-LZ160322)属于血清5型;2个分离株(GX-YL150727、GX-LZ170609)属于血清6型;1个分离株GX-NN171125属于血清7型。其中血清2型为2015-2017年广西IBV的主要流行血清型,与常用疫苗株H120和4/91的血清型不同。研究表明目前广西仍有多种血清型毒株正在流行,但优势血清型与疫苗株不同,这可能是现场鸡群免疫失败的原因。此外,本研究对19个IBV分离株的血清型和基于S1、E、M和N基因分型之间的相关性进行分析。结果显示,19个IBV分离株的血清型与基于S1基因分型的符合率为57.9%(11/19),与基于N基因分型的符合率为42.1%(8/19),与基于E和M基因的符合率分别为26.3%(5/19)和31.6%(6/19)。因此,基于S1基因的基因分型与血清分型的结果最吻合。综上所述,2015-2017年广西IBV仍在不断地变异,有多种基因型和血清型毒株的流行;优势基因型是4/91型和Mass型,优势血清2型与疫苗株不同。研究结果说明了现场鸡群免疫失败的原因。本研究阐述2015-2017年广西IBV的变异情况和流行趋势,丰富了 IBV分子流行病学资料,为IBV疫苗的选择和研发提供科学依据。