自然资源和自然环境是人类赖以生存的物质基础，也是人类社会发展的空间条件。自然保护区是保护重要物种和生态环境的集中地，对自然资源和自然环境的保护发挥着重要的作用。构建自然保护区网络体系，对保护生物多样性、生态环境和合理开发利用自然资源具有重要的指导意义。自然保护区的建立情况可以很直接地反映出这一地区自然环境的保护情况，是否有未被保护到的动植物物种和生态系统，是否有濒危灭绝的物种，是否珍贵稀有的物种没有在保护区内。GAP分析法分析安徽省保护区的所有资料数据，找出保护空缺点，避免物种的灭绝和生态系统的破坏，构建起自然保护区网络体系，从而科学地、系统地、综合地管理自然保护区。论文以安徽省自然保护区为研究实例，以50个资料齐全的自然保护区为研究单元，先详细分析了安徽省的地质地形、气候特征、土壤、水系、植被和动物物种，在此基础上，分析了50个自然保护区的详细情况，包括国家级自然保护区、省级自然保护区、市级自然保护区和县级自然保护区，再借助GIS与RS等技术手段，对物种图层、生态系统图层与保护区图层进行比较分析，最后利用GAP理论找出保护的空白点。对生物物种GAP分析最终得出旌德县和宁国市的红角鸮、灰背隼和野生南方红豆杉三个生物多样性保护空白点（Gaps），皆位于皖南山区，也将其视为生物多样性保护热点地区；对生态系统的GAP分析得出温带沼泽和亚热带、热带沼泽这两种生态系统，虽是保护空缺点，但由于生态环境质量一般、面积较小不具备规划自然保护区的条件，从而选用亚热带落叶阔叶林和亚热带常绿、落叶阔叶混交林两种重要生态系统构建保护区网络体系。以现有自然保护区分布区域为基础，连接两种重要生态系统的重要植被斑块作为一个保护热点区，构建热点地区局部区域的自然保护区网络体系，为安徽省自然保护区发展、优化管理提供科学依据和方法指导。