农民专业合作社是弱势群体农民组织起来,把家庭经营和合作经营的优势结合起来,解决小农户与大市场矛盾的有效制度安排,是目前解决三农问题,增加农民收入的新途径。农民专业合作社的出现和发展为我国市场经济的繁荣增添了新的动力,为农村经济的发展注入了新的血液,是促进农业产业化和保障农民利益的一种有效组织形式。随着《农民专业合作社法》的颁布,农民专业合作社的法人地位得到了确立,从而使农民专业合作社进入了一个依法推进的新阶段。然而,《农民专业合作社法》中仍然存在诸多问题没有明确和细化,合作社立法仍有待进一步加强与完善。尤其对于农民专业合作社社员权利的保护,理论上学者们对其研究较少,实践中也缺乏统一性的规定,需要我们不断研究和思考：既要总结当前立法和实践中的经验教训,也要不断地创造出理论上的新课题新成果。本文主要以《农民专业合作社法》立法制定维度为论述基点,首先从农民专业合作社社员权本身要意入手,对农民专业合作社社员权利进行深入的认识,即在农民专业合作社社员权保护基础、农民专业合作社社员权保护内容等法律制定基础性要素展开,结合社员权理论、法律规定与合作社实践进行论述。其次在此基础上,分别从合作社治理机制方而,新《农合法》规则与新农民合作组织实际运行状况不一致方面提出农民专业合作社发展中在保护社员权利方面存在的问题,尝试建立农民专业合作社权利保障机制,与农民专业合作社社员权利制约因素相对应,寻求制度性解决策略。第三部分对农民合作组织社员权保护制度完善进行法理分析,通过对公司和合伙组织的比较,分析农民合作社特殊的法律地位,并对公司股权保护进行法理上的借鉴,从而为农民合作组织社员权保护制度完善提供法理上的基础。最后为了使农民专业合作社社员的保护质量有一个全面的理论提升,并为《农合法》实施过程中提供方法论参考,本文对未来农民专业合作社社员的权利予以构想,以期与《农合法》保障机制相得益彰,共同实现农民专业合作社社员权利保护质量的飞跃。