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新疆野苹果高功能成分含量的特点为苹果育种提供了重要亲本，与栽培苹果巨大的遗传背景差异也为苹果性状的QTL定位提供了可能。本研究以新疆野苹果的为父本，富士为母本构建的F1代群体为试材，测定19个果实性状，对相关性状的遗传变异进行研究。在该群体已有图谱的基础上，利用winQTLcart2.5软件对14个果实性状进行QTL定位，结果如下：⑴夏红肉×富士杂交一代群体绝大部分果实性状发生广泛分离，除果肉含水量变异微小外，其他性状变异系数多在10%以上，进一步挖掘潜力巨大。⑵不同杂交组合的杂种实生苗始果年龄及童期长短存在明显差异，其中新疆红肉苹果为亲本的5个杂交组合在定植第3年的开花株率均在15%以上，童期仅2-4年，而对照‘金帅’ב寒富’苹果杂交组合在定植第4年的开花株率仅为8.0%，童期3-5年，表明新疆红肉苹果确实具有结果年龄早的特性；新疆红肉苹果的5个杂交组合均出现了红-绵肉、红-脆肉、白-绵肉及白-脆肉株系的分离现象,分离比例不符合孟德尔分离规律，且各类株系比较容易稳定，表明新疆红肉苹果控制红肉/白肉及绵肉/脆肉这两对相对性状的基因位点是杂合的，且红肉对白肉及绵肉对脆肉均为显性；⑶果皮与果肉总酚、可滴定酸、花色苷及Fe含量的广义遗传力均在85%以上，遗传能力较强，而Vc、Ca、K三个性状广义遗传力不足40%，遗传给后代的能力弱。⑷在第6连锁群检测到单果重QTL一个，为主效QTL；第6、17连锁群果实横径的QTL各一个；第9、10连锁群有关果肉硬度的QTL各一个；第3、10连锁群有关果皮脆度的QTL各一个；第2连锁群有关可溶糖含量的位点一个；第1、7连锁群有关可溶性固形物的QTL各一个；在第1连锁群上有2个、第6、7连锁群各有1个与可滴定酸有关的QTL；在第5、14连锁群上各有1个与果皮总酚含量有关的QTL，其中第14连锁群上位主效QTL；第5连锁群上存在一个与果肉总酚含量有关的主效QTL；在第5连锁群上有2个、第10连锁群有1个QTL与Vc有关的QTL；第6、10连锁群上各有一个与Ca含量有关的QTL，其中第10连锁群上位主效QTL；第5、9连锁群上各有一个与K含量有关的QTL；第2、5、6、11连锁群上各有一个与Mg含量有关的QTL，其中第5、11连锁群上均为主效QTL；在第5连锁群上有2个、第6、7、15连锁群各有1个与果肉含水量有关的QTL。各主效QTL可作为分子标记辅助育种与性状定向改良的切入点。⑸QTL定位结果与性状间的相关性存在一定程度的吻合，控制不同性状的QTL具有成簇分布的现象，相关性状的QTL很多聚集在连锁群的相近或相同区域内。但是不是所有相关性显著或极显著的性状QTL都十分接近。