商标确权问题作为我国商标法第三次修改的主要焦点之一，其重要性和迫切性自是不言而喻。从我国目前的情况来看，随着商标经济价值日趋明显，商标注册申请和商标授权确权案件迅速增多，商标确权机制面临的挑战越发严峻。目前到2009年为止，我国商标局共受理商标注册申请案件达到83.05万件，同比增长18.96%，同时，据北京市第一中级人民法院统计，2009年该院受理商标确权案件798件，比2005年增长了12倍，且仅去年一年商标确权案件占一中院知识产权案件收案数的40%。这些数据都反映出我国商标确权机制面临着严峻的考验和存在着严重的问题，业已成为制约我国商标乃至市场经济发展的重大瓶颈。围绕我国商标确权机制的诸多问题，参考日本商标确权制度的相关规定，本文分为三章来进行具体的研究：第一章是对我国商标确权机制的现状及存在问题的反思。本章通过20多个典型案例，从商标驳回、商标异议、商标撤销以及商标争议四大方面来分析现状，从而揭示我国现行商标确权机制存在的诸多问题。第二节则通过对立法现状及理论研究的梳理，来揭示我国商标确权方面立法的滞后及理论的缺失。第二章则对中日两国商标确权机制中的若干问题进行了仔细比较。在简要介绍了日本商标确权机制的规定及运行现状后，本章分别从两国商标注册申请制度、商标异议及撤销制度、商标确权机构职能分工三个部分来讨论中日两国在商标确权机制中存在的差异以及各自的优缺点。第三章是针对我国商标确权机制的完善所提出的建议。从最开始商标注册申请的原则、到商标确权行政程序、再到商标权确权司法程序，笔者将这三大程序划分为对于商标确权机制的立法建议、相关程序的完善、管理体制的完善三部分来整合这一确权过程中的诸多环节，尽可能给出改善的意见，希望对于我国商标法第三次修改能有所借鉴。