【摘 要】
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随着新一代高通量测序技术的迅猛发展,RNA-Seq技术已成为目前转录组研究的重要手段,而转录组测序深度直接影响表达基因的检测。本文基于RNASeq测序技术,研究了测序深度对表达
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随着新一代高通量测序技术的迅猛发展,RNA-Seq技术已成为目前转录组研究的重要手段,而转录组测序深度直接影响表达基因的检测。本文基于RNASeq测序技术,研究了测序深度对表达基因检测的影响,为不同研究目的而选择合适的测序深度提供了参考。本文以人类脑组织的转录组测序数据为分析材料,建立了完整的RNA-Seq数据分析流程,首先对FASTQ格式的测序数据进行质量评估和过滤处理,然后从过滤后的数据中随机取样,模拟构建了不同测序深度的文库,最后分析了所有数据,并比较分析了不同测序深度下检测到的基因数量的变化。研究发现,随着测序深度的增加,检测到的基因数量也随之增加,但新增检出的基因个数随着测序深度的增加而逐渐减小,两者并不是简单的线性关系,其关系形如:y=a·log2(x+b)+c,其中,x,y分别表示测序深度和检出的基因数,a,b,c为常系数。同时,本文还讨论了测序深度对检测转录因子、长链非编码RNA表达的影响。
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