毛竹（Phyllostachys edulis (Carrière) J. Houz.），为禾本科（Poaceae）竹亚科（Bambusoideae）刚竹属（Phyllostachys）植物，是我国分布最广面积最大的重要经济和生态竹种。为了有效评估、利用和保护毛竹遗传资源，本研究利用20对微卫星荧光标记（SSR）对中国现有分布区内有代表性的34个毛竹居群进行遗传多样性及群体结构的深入研究，进而探讨毛竹现有分布格局与可能的演化特点。主要研究结果如下：（1）微卫星多态性。本研究利用从NCBI中获得的毛竹cDNA序列开发适用于毛竹群体遗传研究的20对多态微卫星（SSR）位点。所有SSR位点在毛竹物种水平上多态百分率（Pp）为100%，在804个个体中共检测到169个等位基因，每个位点的等位基因数变化范围为4~15，平均为8.5个；PIC值在0.034~0.663之间，平均值为0.318；SSR位点的等位基因片段长度范围在12~51bp之间，75%的位点遵循任意等位基因突变模型（IAM），20%和5%的位点分别按逐步突变模型（SSM）和SSR位点侧翼区可能发生插入或删除事件。（2）遗传多样性和遗传分化。毛竹拥有中等水平的遗传多样性和群体间遗传分化，34个毛竹居群的平均等位基因丰富度和Nei’s基因多样度分别为2.31和0.320，群体内的遗传变异程度与地理位置无显著相关性，难以发现不同居群间的系统地理关系；毛竹物种水平上基因多样度和基因分化系数分别为0.376和0.162，这与AMOVA分析得出15.45%的遗传变异存在于居群间结论一致。尽管毛竹的大部分遗传变异（84.55%）存在于居群内，但相比于大部分林木群体（Fst <0.15），毛竹居群间的遗传分化程度仍然较高；毛竹群体大多数位点显著偏离哈迪温伯格平衡（P <0.05），总群体水平和单个群体水平固定指数分别为-0.192和-0.440，表明无论在总体水平还是群体内个体间，毛竹群体表现为杂合体过量现象，这体现了杂合子具有更强的生活力，更能适应选择压力，同时在毛竹这一以营养繁殖为主且世代周期长的物种中，杂合子优势更能稳定的保存下来；Mantel检验表明，群体间的遗传距离与地理距离呈显著正相关（r=0.247/0.215, P <0.05），比较符合距离分离模式，根据Fst估算毛竹的基因流为1.203，表明群体间的基因交流较少，尽管人为移栽可能会增加群体间的基因流，但仅在一定距离范围内（就近移栽），没有显著影响整个毛竹的遗传变异格局。（3）克隆多样性。与有性兼营养繁殖的物种相比，毛竹的克隆多样性程度中等偏低，这可能与毛竹的独特生物学特性有关，即以营养繁殖力强，开花周期长，自然结实率低。在34个毛竹居群804个体中共检测出261个多位点基因型（其中77个出现频率≥2），克隆分布范围最广的分布于14个居群中，克隆株数最大为107；毛竹物种水平上克隆尺度为3.08，群体水平上基因型比率（PD）为0.38，平均克隆尺度（Nc）为3.1±1.39，Simple多样性指数（D）为0.74±0.19，基因型分布的均匀度（E）为0.49±0.45。（4）毛竹的聚类分析。基于贝叶斯聚类结果，将34个采样群体按遗传组成分为两大群组，大群组（C1）包括绝大多数毛竹居群，小群组（C2）主要包括陕西周至、湖南怀化、广东仁化及贵州黎平群体，中南-华南地区为两个基因库的混合区域，该结果与基于遗传距离的聚类分析结果结果一致，组间分化程度极高，Fst=0.253；根据组成分分析（PCoA）、邻接法（NJ）以及K=3时的Structure聚类结果，大群组内毛竹居群分为两个亚组，其一主要包括来自云贵川交界、湖北、安徽霍山和福建共17个居群，其二主要包括广西、江西、浙江、江苏和安徽广德共13个居群，中南的群体则分属于两个亚组，尽管亚组间不存在地理区域划分，但大多数同一地理来源的居群属于同一亚组内。（5）部分毛竹居群传播历史的验证。毛竹有着非常悠久的栽培历史，SSR分析揭示出毛竹各栽培群体的来源不同，部分遗传多样性低的群体来源比较单一。陕西周至和山东崂山为南竹北移时期引种栽培群体，其中，陕西周至遗传多样性非常高，历史资料记载其引种来源为湖南、湖北等地，通过荧光SSR分析证实，可能来自湖南怀化、广东仁化和湖北咸宁等；根据聚类分析结果，也证实了山东崂山居群来源于浙江、江西和福建；根据资料记载，云贵川的毛竹为早期引种栽培，贵州赤水的毛竹是在清乾隆三十四年（公元1769年）从福建引种栽培，通过本研究进一步证实，云贵川交界的毛竹可能来源于福建武夷山，并经过长时间的发展分化及对环境的适应，四川兴文和贵州赤水居群内存在有一定的特有等位基因。（6）保护策略。对于遗传变异较丰富的居群，如湖南怀化、贵州黎平和广东仁化，应给予重视和优先保护，防止深度破坏该物种；对于特有基因丰富度高的居群，如四川兴文，以及分布在各个群体的特异种质要加大力度进行异地保存和利用。