拟茎点霉基因组分析与松脂醇及其糖苷化合物合成途径解析

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松脂醇[(+)-pinoresinol](Pin)及其糖苷类化合物—松脂醇单葡萄糖苷[(+)-pinoresinol-4-O-β-Dglucopyranoside](POG)和松脂醇二葡萄糖苷[(+)-1-pinoresinol4,4′-di-O-β-D-glucopyranoside](PDG),均属双环氧木脂素类,具有抑菌、抗癌、降血糖等多种功能活性,但天然含量极低。微生物合成法生产这些物质具有时间短、效率高、不受季节限制等优点,但关于微生物中Pin及其糖苷化合物代谢途径的关键步骤,特别是催化Pin糖基化的关键酶类却少见报道。论文以一株能够合成PDG的杜仲内生菌——拟茎点霉XP-8为材料,通过基因组和转录组分析,在基因水平上解析Pin及其糖苷化合物的代谢途径;并综合关键酶抑制剂、前体喂养、关键酶分离纯化与催化特性分析等方法与步骤,在物质转化和蛋白质水平上验证所得代谢途径;最后,以糖基化关键步骤为切入点,通过基因特征分析、酶的分离纯化与酶学特性研究,获得与Pin糖苷化合物代谢相关的糖基转移酶与糖苷酶的编码基因,确定相关合成途径及关键基因。所得主要结果如下:(1)基因组分析揭示拟茎点霉XP-8的代谢途径多样性。通过全基因组测序、组装和注释,获得基因组大小为55.2 Mb,GC含量为53.5%,基因组重复序列占0.83%,含17,094个蛋白编码基因和310个非编码基因,其中,16,025个蛋白编码基因在不同数据库中得到功能注释,占总注释蛋白质编码基因的93.75%。OrthoMCL分析得到11,818个基因家族,其中64个为特有基因家族,1,140个为特有基因,其中163个为特异基因家族基因。通过antiSMASH预测到80个次级代谢合成基因簇;CAZy数据库分析得到大量碳水化合物代谢可能参与Pin及其糖苷化合物合成的相关酶类。(2)转录组分析揭示Pin及其糖苷化合物的合成途径。菌体样本通过测序分析,用从头组装和参考基因组两种方法分析其转录组。得到4.10 Gb的Clean Data,Q30碱基百分比不小于85.02%,与参考基因组的序列比对效率为88.64%,发掘302个新基因。通过与Nr、GO、COG、KEGG等数据库比对,用无参和有参方法进行基因注释,发现有参拼接能够获得更多注释信息,结果优于无参拼接。有参分析中共有2,921条基因被注释到117个代谢途径中。共有180条基因,涉及40个酶参与Pin生物合成,涉及糖酵解途径、磷酸戊糖途径、苯丙氨酸生物合成途径以及苯丙烷途径等代谢途径。并筛选出可能参与Pin糖苷化合物合成的葡萄糖基转移酶基因。(3)酶抑制剂和前体添加法确定Pin和PDG合成途径。莽草酸途径抑制剂三甲胺和EDTA能够强烈抑制Pin与PDG合成;聚酮途径抑制剂浅蓝菌素和碘乙酰胺则对这些物质合成没有影响;莽草酸途径和苯丙烷途径的前体和中间代谢产物均能显著促进Pin与PDG合成。说明,Pin和PDG合成途径涉及莽草酸途径和苯丙烷途径,但不涉及聚酮途径。(4)催化Pin糖基化反应的糖基转移酶的分析。依次通过70%饱和硫酸铵沉淀、DEAE-Sepharose FF离子交换色谱、Sephadex G-100凝胶过滤和SDS-PAGE电泳对菌体的胞内酶进行分离纯化,获得电泳纯酶蛋白,其表观分子量约为49.50 kDa;液相与质谱检测证明,该酶能以Pin和UDP-葡萄糖为底物催化合成POG,但不能催化合成PDG。参考基因组注释结果,成功克隆到三个糖基转移酶基因,生物信息学分析表明其均属GTB超家族,在其N端和C端均有典型的Rossmann折叠,含较多α-螺旋,约占整个分子的4649%;氨基酸序列同源性分析表明,GT-1和GT-2与其它物种同源性较低,而GT-4与其他物种的同源性可达75%以上。用pET28as和E.coli BL21(DE3)体系对GT-4基因进行原核表达,获得分子量50 kDa左右的表达产物,并具有催化Pin糖基化反应活性。(5)催化Pin糖苷化合物的β-葡萄糖苷酶的分析。依次用70%饱和硫酸铵沉淀、HitrapTm Butyl FF疏水层析、SuperdexTm G200凝胶过滤层析对菌体的胞内粗酶液进行分离纯化,得到电泳纯酶蛋白,其表观分子量约93.40 kDa,MALDI-TOF质谱鉴定为β-D-葡萄糖苷酶,在拟茎点霉XP-8基因组中的基因序列为Gglean007197.1,为基因水平上相关研究和基因调控奠定重要基础。纯化后的酶比活力达75.86 U/mg,纯化倍数30.71,回收率17.04%;酶的最适反应温度70°C,在30-70°C范围内热稳定性较好,为一种耐热性葡萄糖苷酶;最适反应pH值5.0,在p H 3.0-7.0范围内有较高酶活性;K+、Cu2+、Li+对其催化活性有显著抑制作用,而Na+、Mg2+对其则有激活作用,Mn2+、Zn2+、Fe2+的抑制作用不明显;在底物特异性方面,该酶对β-1,4-糖苷键和α-1,2-糖苷键有水解活性,对α-1,4和α-1,1糖苷键没有活性,对pNPG和纤维二糖的催化活性最高,其次为β-1,4-糖苷键连接的芳香基化合物。更为重要的是,该酶能够催化POG和PDG的脱糖基反应,说明其与菌株合成Pin糖苷化合物的逆反应有关。
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