自科技体制改革以来，国家对高校投入了大量资金也供其发展科研事业，高校承担的项目数量也一直处于不断增长的过程，科研经费已然成为目前高校发展的重要资金来源之一，使得高校由原来单一培养人才的目标转变成了教学与科研并行的两大目标。随着国家对科研经费投入力度的加大、科研经费来源的多元化，如何确保科研工作的顺利开展、提升科研质量、确保科研经费的合理使用成为了新的问题。本文从已掌握的资料着手研究，以A高校的科研经费管理作为例子，围绕其整个项目流程展开研究。首先对A高校的整体收入与支出进行了解，算出该校科研经费收入、支出占全年收入、支出的比重，并阐述了该高校科研经费管理的相关制度规定，对A高校科研经费管理的现状进行了详细的介绍。利用流程的定义及流程管理理论，将A高校的科研项目流程进行了分步骤的细化，并将其划分为经费申请过程、经费使用过程和经费结算过程三部分。以相关制度规定作为依据，找出其在科研经费管理过程中存在的问题：经费申请过程的管理复杂化、预算编制不准确；经费使用过程的科研管理系统、核算过程及监管制度不完善；经费结算过程结题不结账、经费到账时间延误。本文依据科研经费管理的相关制度及高校资金管理有关规定，并利用先进的科学信息技术，针对A高校以上存在的问题提出相应的对策建议，认为首先应提高该高校对科研经费管理的意识，其次应针对经费申请过程建立预算管理体制、经费使用过程加强相关管理制度的建设、经费结算过程加强项目结题验收的管理。旨在寻求完善科研经费管理的可行方案，解决使用过程的资金浪费与不合规使用的问题，从而提高A高校科研经费的使用效率，以便在新的形势下科研工作能够顺利进行。