近年来,从建设“创新型国家”到建设“制造强国2025”,国家都在大力推动创新,目前我国已成为仅次于美国的世界第二大研发经费投入国家。企业是创新的主力军,但是我国企业的研发投资普遍存在效率低下的问题,具体包括研发投资过度及研发投资不足。这不单对企业的长久发展,甚至对整个国家的长期稳定发展都存在着重大影响。因此,探讨制度环境、内部控制对企业研发投资效率的影响以及在不同制度环境下内部控制对于企业研发投资效率的影响,具有重要的理论价值和实践价值。本文的具体安排为:首先归纳总结前人的研究成果,并根据委托代理理论、信息不对称理论、制度经济学理论对内部控制及制度环境对研发投资效率的影响,具体为对研发投资不足和研发投资过度的影响进行理论分析,并建立理论框架,进而提出本文研究假设。其次,以2011-2014年沪深A股上市公司共5005个年度数据为样本,借助SPSS16.0统计软件,利用线性回归方法实证检验了制度环境、内部控制对研发投资效率的影响以及不同制度环境下内部控制对研发投资效率的影响,其中对研发投资效率的影响具体分为对研发投资不足的影响及研发投资过度的影响。通过实证研究,本文得出的研究结论为:(1)内部控制质量的提升能显著抑制研发投资过度。(2)内部控制质量的提升能显著缓解研发投资不足。(3)制度环境越好,越能显著抑制研发投资过度。(4)制度环境越好,越能显著缓解研发投资不足。(5)在制度环境差的地区,内部控制对于抑制研发投资过度的作用越显著。(6)在制度环境好的地区,内部控制对于抑制研发投资过度的作用越不显著。(7)在制度环境差的地区,内部控制对于研发投资不足的缓解作用越不显著。(8)在制度环境好的地区,内部控制对于研发投资不足的缓解作用越显著。最后,本文针对研究得出的结果,分别从政府角度和企业角度给出了相关建议,以期对政府制定政策及企业进行研发投资活动具有一定的借鉴意义。