坛紫菜是一种营养价值很高的海藻,在福建省有悠久的栽培历史。运用分子生物学技术分析坛紫菜种质资源的遗传多样性,寻找相关的分子标记,可以指导培育实践,加快育种进程。本实验首先构建了部分坛紫菜小片段基因组文库,从中筛选到1500左右个阳性克隆,在215个阳性克隆中筛选到4个微卫星位点。选择其中的2个微卫星位点ATN4和GAN5以及从GeneBank里搜索的江蓠的3个微卫星位点AJ512812、AJ512806和AJ512804对9个紫菜样品(LYG、RD、CS、GL1、DXY、BBD、JJS、NH和LSD)进行PCR扩增。5个微卫星位点共检测到31个DNA条带,其中条带最多的位点是AJ512812,有12条;条带最少的位点是AJ512804,只有1条带,其它位点扩增的条带数在4～8之间。在所有的31条带种有26条具有多态性,占条带总数的83.9%。根据微卫星检测的结果,采用类间平均链锁法(Between groups linkage)对各样品间的Nei氏遗传相似系数进行聚类分析。分析结果显示野生坛紫菜样品NH、JJS和LSD之间的遗传相似系数最高,达到96.8%;坛紫菜各样品间的遗传相似系数在58.1%～96.8%之间,不同海区、栽培样品与野生样品之间存在很大的遗传差异。这表明坛紫菜的种质资源遗传多样性丰富,将为坛紫菜的良种选育奠定基础。从聚类树状图可以看出,9个紫菜样品共聚成两大类,坛紫菜样品NH、JJS和LSD首先聚为一类,再和其它4种坛紫菜样品聚集,条斑紫菜样品LYG和RD先聚在一起,最后与坛紫菜样品相聚。不同海区的两种养殖坛紫菜CS和GL1之间的遗传距离甚至大于坛紫菜与条斑紫菜之间的遗传距离,说明地理环境不同会造成紫菜在遗传上的较大差异,有时甚至大于种间的遗传距离。5个微卫星位点在9个紫菜样品中共扩增出6个特异性条带。条斑紫菜