小水电代燃料生态保护工程是巩固退耕还林成果，解决农民生活燃料问题的公益性工程。目前，小水电代燃料生态保护工程试点工作刚刚起步。因此，开展此项研究具有十分重要的学术价值和生产实际意义。本文采用理论研究和实例分析相结合的技术路线，以山西省陵川县马圪当试点区为例对小水电代燃料工程对农村可持续发展作用评估、生态足迹、综合经济评价及开发动态模拟四方面进行了较深入研究。论文的主要研究成果为：(1)通过德尔菲法和层次分析法相结合，研究了小水电代燃料工程与农村可持续发展的评估指标体系及各个指标的相对权重，建立了衡量农村可再生能源项目对农村可持续发展的评估体系及模型，以马圪当试点区为案例分析。结果表明，加快小水电代燃料工程建设，对促进农村经济发展、社会进步和生态环境的改善具有重要意义。(2)通过生态足迹的基本概念与基本假设，在生态足迹的生物生产土地分类和计算模型的基础上，建立了小水电代燃料生态保护工程的生态足迹模型：并通过小水电代燃料生态保护工程生态足迹指标计算结果分析得出，在马圪当地区开发小水电是最适宜当地的一种清洁能源。(3)本文探讨了小水电代燃料生态保护工程的综合经济评价方法。将小水电代燃料生态保护工程综合经济评价分为生态经济评价、财务评价和国民经济评价三部分。以山西省陵川县马圪当试点区为例，经综合评价研究表明，小水电代燃料生态保护工程具有较大的生态效益，促进该工程项目的可持续协调发展；本项目在经济上合理，管理单位财务有一定收益，生态效益显著，故本项目是可行的。(4)采用系统动力学方法对小水电代燃料生态保护工程进行了模拟研究。建立了小水电代燃料生态保护工程的系统动力学模型，在分析小水电代燃料工程的影响范围和因果反馈关系的基础上，确定了模型的4条主要因果反馈回路，并建立了6个子系统具体的系统流图模型。在此基础上，对马圪当小水电代燃料工程典型方案进行了模拟研究，研究表明，马圪当项目区的农村家庭生活用能消费结构得到了优化；系统动力学理论是研究小水电代燃料工程开发方案评价的有效方法。