随着经济全球化和信息技术的发展,企业间的竞争愈演愈烈,新产品的推出、产品的改进和成本的降低成为常见的竞争手段,这就需要企业不断地进行研发投入以适应形势,而产品复杂性和模块化导致研发投入越来越大；同时由于竞争加剧和消费者需求变动导致产品周期越来越短,如何在较短的时期内收回成本成为研发决策的关键。由于这两点,企业间的研发合作成为一种权衡二者关系的手段。本文运用博弈分析、规范研究、对比分析和模拟仿真等方法,以企业特别是新兴产业的研发合作为现实背景,以AJ模型和随机创新理论为理论依据,针对研发合作中的企业间关系特征、产品特征和研发行为特征对研发投入激励的影响进行分析,进而分析其对企业利润和社会福利的影响,最终确定不同情景下企业间研发合作形式的选择。从企业间关系特征的角度,以AJ模型为基础,在将企业间关系分为同质关系和互补关系的基础上,以无成本共享、成本共享和信息共享为企业研发合作的形式,分别分析不同关系和不同合作形式下的企业研发投入、产品产量和社会福利,并对同一关系下不同合作方式的投入、产量和福利进行横向对比。针对网络结构运用智能体仿真技术分析了影响创新投入和技术外衣水平的网络平均度、聚集系数和网络平均距离等参数。从创新产品特征的角度,通过将引入网络外部性参数和兼容性参数,构建了在位企业和潜在进入企业的博弈模型,运用该模型分析了企业的决策行为社会计划者的决策行为和研究了各种决策行为对参数的敏感性,并进行了参数影响的数值仿真。从创新行为影响的角度,针对不确定性和补贴角度进行了分析,对于不确定性方面运用随机创新模型,在假设企业在产品市场不存在合谋行为和企业同时在各自的实验室进行研发活动的前提下,探讨企业不同研发合作模式的研发投入情况及其对比,对于政府补贴政策对企业创新合作影响方面,以AJ模型为基础,以存在技术外溢为假设,在需求函数中引入产品替代率,构建了一个三阶段博弈模型,对企业创新竞争、创新合作和垄断三种博弈情况下的最优创新水平、产量、利润以及社会福利进行了对比。运用引入修正系数的DEA交叉效率模型对不同主体的效率进行测度,并通过引入共生水平测算出各主体的投入冗余与产出不足,通过与标杆对比分析出不同主体的研发合作激励重点。