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反刍动物瘤胃微生物群落的丰度变化与机体的许多表型都有关系,包括饲料效率、疾病状态、甲烷排放以及机体的免疫功能。研究瘤胃微生物与机体表型之间的关系是目前反刍动物的一个研究热点。本研究通过高通量测序技术探索龙江和牛瘤胃微生物的组成,并利用培养组学技术对瘤胃微生物菌群进行分离鉴定,将培养组学技术与高通量测序技术相结合,分析龙江和牛瘤胃中细菌群落的组成,初步建立龙江和牛瘤胃微生物菌群库。实验所用的瘤胃内容物均采自黑龙江省齐齐哈尔市龙江县某商业化龙江和牛屠宰场。共无菌采集5头自然生长状态下的健康雄性龙江和牛瘤胃内容物,分别提取瘤胃内容物菌群的总DNA,通过高通量测序技术,针对16S rDNA的V3-V4区进行测序分析,总共鉴定出37个细菌纲,其中占90%以上DNA序列的细菌纲有7种,包括拟杆菌纲(Bacteroi dia 38.22%-45.39%)、梭菌纲(Clostridia30.31%-34.88%)、厚壁菌纲(Negativicutes 7.21%-10.06%)、未分类菌纲(unclassified 4.72%-10.72%)、丹毒丝菌纲(Erysipelotrichia0.42%-2.52%)、变形菌纲(Gammaproteobacteria 0.49%-2.57%)、螺旋体纲(Spirochaeti a 0.73%-2.73%);共鉴定出207个细菌属,其中占比超过0.1%的有49个,占90%以上16S rDNA序列V3-V4区的优势菌属有8种,包括未分类菌属(Unclassified 37.37%-51.61%)、普雷沃菌属(Prevotella 20.15%-26.18%)、琥珀酸菌属(Succiniclasticum 6.39%-8.59%)、巴那斯拉菌属(Barnesiella 0.09%-4.41%)、瘤胃球菌(Ruminococcus 0.79%-5.91%)、(Saccharofermentans 1.14%-2.13%)、毛螺旋菌科(Lachnospiracea incertae sed is 1.31%-1.61%)、孢杆菌属(Sporobacte 0.28%-1.67%)。由此可见,瘤胃内容物样品中所占比例最高的菌属为未分类细菌属。将采集的瘤胃内容物应用培养组学技术对其进行细菌的分离培养。分离培养出的细菌通过扩增16S rDNA基因并测序,测序结果在GenBank中进行同源性比对,共得到520株细菌,其中完成测通的细菌有314株,包括肠球菌属(Enterococcus)161株,占总菌属51.27%;芽孢杆菌属(bacillus)28株,占总菌属8.92%;不动杆菌属(Acinetobacter)26株,占总菌属8.28%;变形杆菌属(Proteus)23株,占总菌属7.32%;葡萄球菌属(Stap hylococcus)22株,占总菌属7.01%;梭菌属(Clostridium)19株,占总菌属6.05%;狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)2株,占总菌属0.64%;氨基酸球菌属(Acidaminoc occus)6株,占总菌属1.91%;大肠杆菌/志贺菌(Escherichia/Shigella)5株,占总菌属1.59%;短杆菌属(Bravibacterium)3株,占总菌属0.96%;链球菌属(Streptococcus)4株,占总菌属1.27%;气球菌属(Aerococcus)2株,占总菌属0.64%;柠檬酸杆菌属(Citrob acter)2株,占总菌属0.64%;棒状杆菌属(Corynebacterium)1株,占总菌属0.32%;梭菌属(Fusobacterium)1株,占总菌属0.32%;考克氏菌属(Kocuria)1株,占总菌属0.32%;细杆菌属(Microbacterium)1株,占总菌属0.32%;光岗菌属(Mitsuokella)2株,占总菌属0.64%;丙酸杆菌属(Propionibacterium)2株,占总菌属0.64%;沙雷氏菌属(S erratia)1株,占总菌属0.32%;未分类芽胞杆菌科1(unclassified_Bacillaceae 1)1株,占总菌属0.32%。完全测通的314株细菌中,包括52个菌种,且同源性在99%-100%之间。其中占比在前三名的菌属包括肠球菌属(Enterococcus)、芽孢杆菌属(bacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)。本次试验还分离出较多的潜在有益菌,包括枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)和地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)。本实验通过高通量测序技术测得龙江和牛瘤胃菌群优势菌属包括:21个门、37个纲、58个目、207个属。其中未分类菌属(Unclassified 37.37%-51.61%)、普雷沃氏菌属(Pr evotella 20.15%-26.18%)、虎珀酸菌属(Succiniclasticum 6.39%-8.59%)、巴那斯拉菌属(Barnesiella 0.09%-4.41%)、瘤胃球菌属(Ruminococcus 0.79%-5.91%)、(Saccharofe rmentans 1.14%-2.13%)、毛螺旋菌科(Lachnospiracea incertae sedis1.31%-1.61%)、孢杆菌属(Sporobacte 0.28%-1.67%)。另通过实验室的培养组学技术从龙江和牛瘤胃内容物中的共分离培养出520株细菌,其中测序后完全测通的菌株有314株,4个门,6个纲,9个目,20个科,21个属,52种,其中不同基因型159种。初步建立了龙江和牛瘤胃菌群库。