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目的：应用DNA条形码对贵州苗药艾纳香及其混伪品进行鉴定，以确定DNA条形码技术在中药鉴定中的有效性。方法：分别提取艾纳香及其混伪品的DNA，对其DNA中ITS、psbA-trnH、matK、rbcL序列进行PCR扩增和测序，应用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接，去除低质量序列及引物区，获得靶序列。应用MEGA5.0软件计算物种种内种间Kimura2-parameter (K2P)遗传距离；采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ系统发育树等方法对候选序列进行鉴定分析。结果：获得苗药艾纳香的ITS、psbA-trnH完整序列及rbcL、matK部分序列；苗药艾纳香ITS、ITS2、psbA-trnH三个序列的种间最小K2P遗传距离远大于种内最大K2P遗传距离；基于三个序列构建的NJ系统发育树中可看出，艾纳香与其近缘种单独聚为一枝，表现出单系性，能明显与伪品大叶紫珠分开。结论：相对于rbcL、matK、psbA-trnH序列，ITS2序列最适合用于鉴别艾纳香及其近缘种和伪品，为有效鉴定艾纳香提供了科学依据。