本文分别应用RAPD 和ISSR 分子标记技术对凉水国家自然保护区的天然红松(Pinus koraiensis )种群在时间尺度上的遗传多样性变化和遗传分化进行了分析。本研究共选择77 个树龄在100 年以上(1733 年～1903 年)的红松个体,连续分四个龄级,在时间尺度上分析红松遗传多样性动态变化,对照这一时期环境变化,本研究对红松的遗传多样性演化与环境变化关系进行了讨论,并结合以往对本地区树龄在一百年之内的红松遗传多样性研究,在大的时间尺度上分析了1733～2002 年近300 年的天然红松种群遗传多样性的动态变化过程。本研究筛选出11 个RAPD 随机引物,共检测到71 个位点,其中55 个多态位点,多态位点比率为77.46%,RAPD 的Shannon 指数得出龄级间遗传多样性占总遗传多样性的10.59%,RAPD 的Nei 指数得出龄级间遗传分化为9.03%。15 个ISSR 随机引物共检测到104个位点,其中85 个多态位点,多态位点比率为81.73%,ISSR 的Shannon 指数得出龄级间遗传变异为11.96% ,ISSR 的Nei 指数得出龄级间遗传分化为11.03%。本研究结果证实,凉水自然保护区内的红松遗传多样性在1733 年～1903 年期间,除了1843 年至1872 年红松遭到人为干扰遗传多样性有所下降外,基本处于由于红松自然演替所产生的正常波动范围内;龄级间遗传多样性分化不明显;红松遗传多样性大部分存在于龄级内。红松针阔混交林是典型地带性“顶级”植被,具有很高的经济价值和生态价值,目前天然红松林混交林资源正逐渐枯竭,保护和恢复重建红松针阔混交林生态系统是非常迫切和必要的。