环境刑法在生态经济中具有独特的作用,环境刑法不能有效的发挥法治功能,生态经济发展最终将受到约束,现行的环境刑法不能有效的保障生态经济的运行,探讨利用刑事法治体系矫正生态经济发展中的破坏水生态环境问题,实现水生态环境规律与法治体系的结合,促进生态经济可持续发展。水生态环境具有“时间、空间和承载”三维尺度的自然属性,因此,环境刑法立法及司法须在水生态环境的“时间、空间和承载”三维尺度上重合,才能在社会经济发展中发挥保护水生态环境的法律作用。水生态环境犯罪治理离不开刑法,对水生态环境犯罪的刑事惩治是最后的法治手段。水生态环境犯罪的刑法立法是刑事法治的基础,而且我国水生态环境方面刑事司法实践和刑事立法的衔接问题,水生态环境方面的刑事司法实践及监督保障也是必须解决的,基于我国水生态环境治理的现状,借鉴国外水生态环境犯罪刑事法治的经验,对水生态环境犯罪的刑法立法和刑事司法实践进行系统而深入的研究。刑事法治体系的基础是法律体系,重点是司法体系,关键是保障体系。所以站在法治体系的角度和高度,不仅要讨论科学立法,也要讨论司法实施和监督保障体系。刑事法治不仅仅需要解决违法犯罪问题,更重要的是必须体系地解决问题,只有这样法律才能形成内部协调一致妥善处理潜在矛盾,才能做到自身不推翻自身可能的法治。在治理水生态环境犯罪方面,科学立法是至关重要的。在治理水生态环境犯罪方面,为确保维护公正这一法治生命线的司法之公正,首先得改革司法程序启动难问题,司法体制改革亟需试点、推行,推动水生态环境公益刑事诉讼的司法社会化及第三方检测机构法律授权是实施重点。当然有力的水生态环境法治监督保障体系也是水生态环境刑事法治之关键,对环境法治工作队伍的专职化要求,促使我们建立健全其职业保障制度。论文总共分六章,第一章,导论。第二章,法律关注对象水生态环境犯罪的概念是环境刑法科学立法的前提,也是整个水生态环境犯罪刑事法治体系的前提。第三章,水生态环境犯罪刑事法治体系之科学立法。第四章水生态环境犯罪刑事法治体系之司法完善。第五章,水生态环境犯罪刑事法治体系之监督保障。第六章,水生态环境犯罪刑事法治体系之实践检视。本文在理论和法律实践方面有着积极的意义：第一,从水生态环境的时间、空间和承载三个尺度来实施法治体系,是全新视角。第二,从体系思维角度,系统的提出水生态环境犯罪的法治体系,构建出具有可操作性的制度设想。第三,推动其他部门法学之变革。环境刑法的发展需借鉴其他法学的做法,环境刑法的发展也会推动其他法学的发展。从理论上讲,提供了一种全新的法益理念,将“水生态环境的时间、空间和承载三个尺度的法益”纳入法律调整的范畴,对于诉讼法,从环境诉讼的理论与实践出发,“三个尺度的法益”的司法救济将会丰富环境诉讼法理论与实践,而“三个尺度的法益”的具体法律实践设想不仅仅是一个单纯的环境诉讼问题,以保护水生态环境法益为主线应贯穿整个水生态环境犯罪刑事法治体系。在整个环境刑事法治体系环境刑法自身的内容得到了细化,也拓宽了环境诉讼等部门法的研究视野,使水生态环境犯罪刑事法治体系中各种法从崭新和独特细致到位角度审视各自的理念和制度框架。