食管癌的死亡率在我国恶性肿瘤中居第四位，鳞状细胞癌是我国食管癌的主要病理类型，五年生存率低于10％。本研究拟通过蛋白质组学方法寻找在食管鳞癌组织中异常表达的蛋白质，为食管癌的临床诊断和治疗提供新的线索。 分析39例食管癌及其癌旁正常上皮的蛋白表达谱，发现25个在肿瘤中异常表达的蛋白质点，通过质谱鉴定了其中19个蛋白。 双向电泳和Western blot的结果显示，MnSOD在食管癌组织中表达上调，RT-PCR和免疫组化表明这种升高的表达与NF-κB上调MnSOD的转录水平有关。两个小于正常分子量的Annexin Ⅱ的isoforms在食管癌高表达，而且二者仅存在于肿瘤组织中，Western结果提示其很可能为Annexin Ⅱ在食管癌中特异降解的产物。抗酪氨酸磷酸化抗体的Western blot发现在双向电泳胶上Annexin Ⅰ的3个isoforms中两个靠近酸性端的蛋白质点被酪氨酸磷酸化，表明这3个isoforms是Annexin Ⅰ的三种不同磷酸化状态的表现。p63基因在食管癌中表达多种isoforms，RT-PCR的结果表明ΔNp63是p63在食管癌及食管上皮中表达的主要形式。免疫组化分析显示，p63在肿瘤组织中高表达，在紧邻癌组织的病理学正常的上皮中表达与癌组织相似，且上皮离癌组织距离越远，p63表达强度越低，提示p63表达上调可能是食管鳞癌发生过程中的早期事件，异常表达的p63蛋白可能作为食管癌早期诊断的候选标志物。 以上结果表明，蛋白质组学方法是鉴定肿瘤中表达失调蛋白的有效工具，本论文发现的食管癌异常表达蛋白为进一步探索该病发生、发展的分子机理提供了重要的基础，并且可能作为食管癌临床诊断的蛋白标志物和治疗的基因靶点。