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本论文共有两个部分。
(一)双孢蘑菇褐变相关多酚氧化酶(PPO)的研究
(1)双孢蘑菇在储藏过程中容易发生褐变，影响其食用价值和经济价值。本研究通过研究双孢蘑菇储藏过程中的褐变度、总酚含量、多酚氧化酶(PPO)和苯丙氨酸解氨酶(PAL)酶活性变化，探讨其褐变机理，以期寻找抑制其褐化的途径。结果显示，PPO与双孢蘑菇褐化有着密切的联系，但其褐变机制有待于进一步的研究。
(2)从双孢蘑菇中分离和克隆了2个PPO同源基因的基因组序列，PPO3和PPO4，长度分别为2080bp和2189bp，对其序列信息进行了分析，发现PPO3和PPO4都有7个外显子和6个内含子，外显子和内含子的连接区高度保守，符合真核基因的GT-AG剪接法则，且含有典型的CuA，CuB结构域。
(3)利用染色体步移技术分别克隆2个PPO基因的启动子序列，长度均大于1.5kb，分析发现包含核心启动子的保守元件，如TATA-Box和CAAT-Box等，以及I-box、G-Box、AE-box、WUN-motif、 ARE-motif、 MYB等一些重要顺式作用元件。
(4)半定量的结果再次证明了PPO基因与双孢蘑菇褐变之间的关系。
(二)香菇EST-SSR标记的建立
EST-SSR标记是基于公共数据库中的EST或cDNA序列开发的一种分子标记。开发香菇上可用的EST-SSR标记对于食用菌类的遗传育种研究有着重要的意义。
本研究利用生物信息学的数据挖掘技术，对公共序列数据库中香菇EST的SSR位点进行了鉴定和分析，建立了香菇EST-SSR标记，并将这些标记应用在香菇菌种遗传关系的研究中，获得了以下结果：
(1)从NCBI中下载了12184条香菇EST序列，处理后得到全长3681177bp的4684个Unigene。在其中共发掘出142个SSR，分布于120条Unigene中，发生频率为2.99％(1/25.429kb)。其中，单，二，三核苷酸重复是主要的重复类型，A/T,AG/CT,ACG/CTG是单，二，三核苷酸的主要重复基序，分别占所有EST-SSR的78.57％，79.49％，25.42％。
(2)利用primer5.0设计了40对引物，并在35个香菇品种中进行检测。结果有36对引物显示扩增，占所有引物的90％，其中22对引物为多态性引物，其多态率为55％。
(3)应用NTSYS软件的聚类方法分析表明，35份材料遗传相似系数范围为0.125-0.781，PIC值为0.056-0.826，说明35个香菇品种间具有一定的遗传多样性。可以将其进一步地应用于香菇遗传育种的实践应用中。