中药小分子的组合可以产生协同作用已有多种报道,这往往涉及多个靶点的相互作用。但是协同作用在靶点互作网络上是否及具有怎样的特征未见报道。本文从中药化合物的靶点出发,首次研究中药小分子协同诱导凋亡的蛋白网络特征。通过生物信息学工具,收录了已知的中药协同作用分子对作为正集,并人工构建负集,在蛋白网络上通过多种参数定量统计和评价靶点网络在正负数据集上异同。经本文分析得出,与负集相比,能协同诱导凋亡的中药小分子对(正集)在多个参数上具有统计显著性,主要体现在(1)两个分子的靶点组群要有相当程度的重合,且大部分相同靶点都集中作用于协同目标网络(凋亡核心网络)上。(2)两组靶点群分别富集到的通路都与协同目标高度相关。(3)除了相同靶点外,两组不同靶点群在网络上联系密切(比如大部分仅1-2步之遥)。(4)在核心凋亡通路这个局部网络内,不同中药分子在相同靶点具有顺式调节(即共同升高或降低)且促凋亡作用；不同靶点在网络上,尽管处于不同的位置,受到的调节方式也各不相同(有的升高,有的降低),但都是有利于凋亡的,从而对相同靶点的促凋亡效果起到补充作用。