随着经济全球化进程的推进,国与国之间竞争也愈加激烈,科技创新水平作为一国经济发展水平以及国家综合竞争力的体现,被许多国家所重视。我国也高度重视国家创新体系、区域创新体系的建设,对科技创新领域的财政资金投入规模也在不断扩大。产业技术研究院作为推动产业升级的科研机构,是区域科技创新体系建设的主要组成部分。为促进产业技术研究院等科研机构进行科技创新研发,地方政府下拨了财政专项研发资金对这些科研机构予以财政支持。但随着我国财政预算管理制度的不断完善,以及财政专项研发资金投入规模的不断增大,科研机构的财政专项研发资金绩效水平究竟如何,值得探讨。在这样的背景下,对财政专项研发资金进行绩效评价也就成了必然要求,具有十分重要的理论价值和实践意义。本文对财政专项研发资金进行绩效评价研究,旨在为目前的财政专项研发资金绩效评价研究提供绩效评价指标基础、实证方法与实证研究借鉴,通过将A产业技术研究院作为实证研究对象进一步验证了本文绩效评价指标体系和实证研究方法的现实可行性。本文基于2014-2016年A产业技术研究院财政专项研发资金的投入产出数据,利用DEA-BCC模型和DEA-Malmquist模型对A产业技术研究院下属的25家研究所的财政专项研发资金绩效水平和投入产出效率进行了综合性分析。首先,选取相应的投入和产出指标,建立财政专项研发资金绩效评价指标体系,然后使用DEA-BCC模型对财政专项研发资金的绩效水平进行总体上、个体间以及产业领域间的评价与比较,并进一步利用DEA-Malmquist模型对财政专项研发资金的投入产出效率进行动态有效性分析,研究结果表明:A产业技术研究院财政专项研发资金绩效水平较低,投入冗余与产出不足的现象并存,研究所间、产业技术领域间财政专项研发资金的绩效水平、投入产出效率差异较为明显。最后,本文根据实证分析结果,以基础理论为依据,从四个方面给出相关政策建议:建设绩效评价机制,提高专项研发资金绩效水平;优化专项研发资金投入结构,合理控制投入规模;加快推进技术革新,加强专项研发资金投入监管;完善成果转化机制,推动科技成果向现实生产力转化。