项目贷款评估是银行项目贷款的首要程序，为银行是否放贷提供直接参考依据，不论是在银行贷款业务决策上还是项目贷款后管理中均具有重要作用。中国农业发展银行的商业性贷款项目在新农村建设的背景下获得了长足发展，但农发行的业务发展一直受到外部政策环境的影响，既要服从于“三农”政策，同时受粮改政策的影响，国家和地方财政政策对其也有所牵制。而与商业银行相比，其身处困境时，商业性银行可以依据国家出台相应法律进行自我防护。可是，农发行自成立以来，由于其特殊职能没有相关法规支撑。近年来，中国农业发展银行连续几年在中央一号文件中提及支持范围，虽然机遇难得，然而挑战更严峻。农发行现有的商业性贷款项目评估体制和方法还存在着许多亟待改进的地方，以及不良贷款增加所造成的信贷风险的加剧，都迫使我们有必要去分析农发行商业性贷款项目评估工作中存在的问题，并提出切实可行的改进措施，从而有效对农发行商业性贷款项目进行控制和管理。通过对集宁区侯家村、红海子村和邓士村农村建设土地收储整理项目评估实例分析，从管理体制、评估内容和评估方法三个方面提出了中国农业发展银行在商业性贷款项目中主要存在的问题有:过度依赖可行性研究，降低了评估的准确性;评估人员配置不合理，责任认定方法不清晰;项目评估咨询费用的收取使评估报告的可信度降低;评估时间短暂，评估过程中凸显行政干预现象;侧重项目本身评估，对项目企业评估重视不够;侧重项目财务分析，忽视项目国民经济效益评价;忽视行业特点分析，提高了还贷风险;折现现金流方法存在一定的缺陷;缺乏对项目建设必要性的宏观评估。针对以上存在的问题，相应提出以下几点措施:正确处理贷款项目评估与可行性研究之间的关系;优化评估人员结构，明晰责任认定方法;禁止收取建设单位的评估费;制定科学的项目评估程序，弱化行政干预;加强对项目企业的评估;提高对项目国民经济评估的认识;密切关注贷款项目的行业特点;引入实物期权概念，改进折现现金流评估方法;加强对项目宏观必要性的评估。以求对农发行的发展有所裨益，致使支农与政策性业务的和谐发展。