科研事业单位作为我国特殊的事业单位，承担科研任务、研究技术问题，对国防建设和社会发展中涉及到关键技术问题的出谋划策，对国民经济有着至关重要的作用。长期以来其主要的资金来自于财政拨款。但在市场经济条件下，这种资金模式已经适应不了自身的需求，为了更好地促进自身的发展，科研事业单位凭借自身的技术、资源优势,逐步参与到了市场竞争中来。不少单位也逐渐进行转型，由单纯的公益性和社会性单位向营业性和开放性单位转变，经营目的也随着改变，实现了资金来源多样性，自给率不断提高。随着科教兴国战略的实施，国家对科研事业单位的投入也随着增加，科研事业单位也获得了越来越多的经费，其来源的多样性也不断提升，这就对科研事业单位的管理提出了新的标准。近年来，为了促进社会主义市场经济的发展，我国进行了机构体制全面而又深入的改革。财政部门也进行了相应的调整，利用部门预算、国库集中支付和政府采购等方法,促进财政支出管理体系的发展和完善，为政府资金作用的发挥创造更好的条件。这些政策措施的推行极大地改善了科研事业单位的管理的外部环境，这也潜移默化的推进了科研事业单位实行全面预算管理。全面预算管理作为科研事业单位加强内部控制和管理的有效手段,其重要性和紧迫性日益突显。本文在总结梳理国内外相关文献资料与研究成果的基础上，采用多学科交叉的方式，综合运用会计学等其他相关学科的理论观点、方法与研究成果，结合国内外全面预算管理的发展概况，从宏观、微观层面深入分析，采用理论分析与实践分析相结合、比较分析与案例分析相结合的方法，通过深入分析当前我国事业单位全面预算管理实施实践中的主要现实问题，结合H研究院的实际案例分析，提出了完善对策。