林兆恩是晚明的一位哲学家，三教合一是其思想最为鲜明的特色。本文分析了他与三教的关系，揭示出他的三教合一的思想体系是在儒家学说、特别是阳明心学的思想基础上，糅合道教内丹学和佛教禅宗而建立起来的。他的三教合一论首先批评了孔、老、释迦之后的三教的种种弊病，提出三教合一的现实必要性；其次在考察前人三教一致说的基础上，论证了三教的一致性和三教合一的可能性；最后强调世间法和出世间法的一体化，指出三教合一的归宿——归儒宗孔，宗孔即宗心，即三教同归于本心。“心”是林兆恩三教合一思想体系的核心概念，一方面，他认为三教有着一致的本源，即“道一”，“道”就是“心”；另一方面，林兆恩提出了一套以发明本心为目的的完整的三教工夫论，包含立本、入门、极则三个层次，这也是他与王阳明及其后学的不同之处。