农业高校作为国家农业科技创新体系的重要组成部分,已经成为我国农业基础研究的主力军,成为提升农业自主创新能力、促进农业经济发展的重要推动力量。对农业高校的科研绩效进行系统评估,不仅对我国建设创新型国家、实施科教兴农战略具有重要的现实意义,而且有利于促进农业高校加强学科建设,促进学术队伍建设,提高科研绩效和综合竞争力。本文在综合参考已有研究和咨询高校科研管理者意见的基础上,设计了农业高校科研绩效评价指标体系,并以A农业大学为例,运用数据包络分析法(DEA),对A农业大学的10个主要学科的科研绩效进行有效性评价,分析了各学科科研绩效的差异和原因,研究了2004-2008年科研效率变化趋势。得到了如下结论:(1) 2004-2008年,A农业大学科研整体运行效率良好,科研效率的平均值高达0.946,其中7个学科的科研效率较高,处于最佳规模收益状态。(2)从横向来看,作物学、畜牧学、兽医学、园艺学、林学、农林经管理、食品科学与工程的科研效率较高,环境科学与工程、农业资源利用和植物保护的科研效率相对较低。(3)从纵向来看,A农业大学的学科科研效率总体呈上升趋势。2004-2008年,环境科学与工程、园艺学、农业资源利用的科研效率都明显提高,而林学的科研效率有所下降。最后,基于研究结论提出如下政策建议:加强人才队伍建设,提高科研人员整体学术水平;夯实研究基地建设,增强学科持续发展能力;以科研项目驱动,促进农业高校学科发展;建立高效率的学科资源配置机制,全面提高科研绩效。