随着教育体制综合改革的推进,在国家建设世界一流大学和一流学科政策的推动下,高校的经费不断增加。2013年修订的《高等学校财务制度》里明确规定,当前的高等学校需要遵循上级主管部门的要求,满足学校财务管理的需要,客观、科学的设置学校的财务分析指标,同时进行财务分析工作。在现行的高校财务管理体制下,规模较大的综合性学校绝大部分实行“统一领导、分级管理”的财务管理体制,二级学院获得了更大的财力,享有相应的财务自主权。在此背景下,构建高校院系财务绩效指标体系,形成院系自我发展、自我约束的财务运行机制,对贯彻中央决策部署,规范财务行为,合理配置有限资源,提高资金使用效益,具有重要意义。文章以委托代理理论、利益相关者理论、激励理论、公共财政理论为基础,总结湖南大学的内部财务管理模式、现行财务绩效评价体系的特点,分析湖南大学现行财务绩效评价在评价体系、评价结果和激励机制中存在的问题,结合湖南大学的具体情况,按照客观性、可比较性、定量定性相结合的原则改进学校的院系财务绩效评价指标体系,通过增设财务绩效评价指标维度、细化财务绩效评价指标的内容丰富财务绩效评价指标,利用层次分析法确定湖南大学院系财务绩效评价指标的权重,对院系进行财务绩效评分和同类院系绩效比较和评价,并建立与之相结合的激励机制,系统地构建了按理科、工科、经管和人文四大类分类评价的湖南大学院系财务绩效评价指标体系。本文推行的财务绩效评价指标体系方法,完善了湖南大学院系财务绩效评价体系,提出了一套适用于湖南大学的院系财务绩效评价体系,为其他高校的院系财务绩效评价体系改进提供了借鉴与参考。