本文试图在制度经济学已有成就的基础上，通过自己的研究消除制度经济学中存留的各种不能回答的尴尬和悖论，如“唯理主义的制度悖论”以及“哈耶克悖论”等，并最终解开“制度之谜”。为此，本文采用了跨学科交叉的研究方法，引进了物理学领域从牛顿力学到经典热力学的成果、生物学领域的达尔文进化论和奥菲克的人脑进化理论、哲学领域的主体间性哲学认识论等，从认知进化和主体间性两个角度的考察出发，指明了既有制度分析范式的缺陷及其必要转向，并在演化思维的指导下，通过对“制度与理性”这一核心命题的考察，对制度演化的内部逻辑给予了探索。 本文认为，制度分析的主要分歧表现为两个方面：一是表现为以牛顿静力学为支撑的封闭性制度均衡观和复杂科学所支撑的开放性制度演化观的分歧；二是表现为达尔文进化论支撑的无意识演化与奥菲克人脑进化论和广义进化论所支撑的有意识演化的分歧。本文主张，制度演化分析必须实现一种两阶段的范式转换：一是从制度均衡观转向制度演化观；二是从制度的无意识演化转向制度的有意识演化。通过认知进化与主体间性两个视角的考察，本文指出，在商业交换这一互动行为的推动下，随着人类大脑的进化，其认知能力逐步提升，对制度演化的参与性提高，并有意识地推动制度演化的进程。这种以主体间性方式存在的有限理性参与制度演化的实现过程，在制度演化进程中表现为以下具体过程：即从个人认知形成个人习惯，通过主体间性的互动形成习俗，从习俗硬化为惯例，最后经由宏观群体层面的理性参与形成正式制度和法律。 本文在分析结论中指出，目前制度研究的最大障碍来自于人们对于理性这一人类动因及其限度的误解。我们需要这样一种关于制度演化分析的正确认识：即我们似乎不得不在演化与自由之间建立一种等式，而不是在控制与自由之间建立一种等式。后者作为一种对于理性的“致命的自负”，可能是我们有效认识和利用制度时所面临的真正障碍和内在限度。