近年来随着我国行政法治的不断推进,行政法律制度的着力点也从重视对行政相对人的权益保护转向了兼顾国家和社会公共利益保护的模式,行政公益诉讼制度应运而生,在食品药品安全、生态与自然保护、国有资产保护等方面发挥了重要作用,对于行政机关违法行使法律规定的职权或者未有效行使公权力防止公益损害的情况进行了纠正。我国2017修正的《行政诉讼法》中授权检察机关提起行政公益诉讼。将检察机关作为起诉人是符合宪法国家机关职能分工以及我国体制架构的有效设计。但就其属性而言,检察机关还承担着国家法律监督者的职能,因此行政公益诉讼中起诉人与行政机关双方的证明责任的科学、合理分配就显得尤为必要。对于行政公益诉讼证明责任分配问题的研究,有利于解决案件处理中具体规定适用问题,合理确定双方的举证负担,从而查明案件事实,在司法程序中实现对行政机关的有效监督。目前对于行政公益诉讼的证明责任分配考虑到了检察机关的特殊属性。然而,实践中也暴露出了现行证明责任分配制度的缺陷。将作为客观诉讼的行政公益诉讼直接纳入了现行立法中,导致了客观诉讼与主观诉讼之间的制度紧张,从而影响了证明责任的合理分配;现行规定之间衔接不畅,不同司法解释中对于检察机关的证明程度的要求不同导致检察机关无所适从;实践中检察机关对于不同类型的案件所提交的证据材料也不一;在公益侵害的证明上,目前对其的证明程度存在冲突,且缺少一个较为明确的规范指引;且检察机关在行政公益诉讼中对违法类和不作为类案件统一适用相同的规定;司法解释虽赋予了检察机关的调查核实权,但相较于民事公益诉讼中详尽的权属内容,行政公益诉讼中的权能规定较为笼统和模糊,取证权与举证义务存在不匹配的现象。以上问题影响和制约了行政公益诉讼制度优势的发挥。为确保行政公益诉讼效能的实现,应当首先确立证明责任分配的原则,即在举证责任倒置的基础上,强化检察机关对于法定事项的证明责任;其次,细化行政公益诉讼举证责任的现行规定,借鉴侵权法的构成要件对国家和社会公共利益受损害予以证明,同时将行政机关合法但侵害公益的行为纳入不作为的范围;在具体操作上,应当对案件进行作为类和不作为类的区分,并明确检察机关在检察建议环节的证明责任,以及明确行政机关的证明责任;最后,完善检察机关的调查核实权,明确调查核实权的权属内容,并构建调查核实权的救济机制和刚性制度保障。