论文部分内容阅读
非编码RNA与癌症的关系是近几年研究的热点,什么样的非编码RNA可作为癌症的诊断、预后标志物,是精准医学时代的关键问题之一。本文通过构建非编码RNA与癌症的关联网络,分析microRNA以及lncRNA与癌症的相关性,旨在寻找可作为标志物的非编码RNA在其与癌症关系网络中的特征,为寻找非编码RNA标志物提供不同的视角和分析方法。通过Web of Science索引平台人工采集数据,同时整合了已报道相关数据库中的数据资源,构建ncRCancer数据库。该数据库包含microRNA和lncRNA两类非编码RNA与癌症关联数据:microRNA与癌症关联网络包含644个microRNA、137类癌症、4359组对应关系;lncRNA与癌症关联网络包含347个lncRNA、109类癌症、844组对应关系。通过网络分析发现,这两个网络均符合Scale-free网络分布。在microRNA与癌症关联网络中,发现3.7%的microRNA可以关联到81.02%的癌症。92.17%的microRNA标志物与多类癌症相关联,表明Universal microRNA(与多类癌症相关联的microRNA)相比Specific microRNA(仅与一类癌症相关联的microRNA),更有可能成为生物标志物。Universal microRNA不仅独立调控基因以及调控重要生物功能基因的能力明显高于Specific microRNA;在信号通道富集中,Universal microRNA所富集的癌症信号通道也高于Specific micro RNA。在lncRNA与癌症关联网络中,发现4.9%的lncRNA可以关联到80.7%的癌症,与microRNA比例类似。在多类癌症中,lncRNA作为microRNA的竞争内源性RNA产生作用。在它们之间的调控关系中,癌症中lncRNA通过海绵化microRNA控制基因表达,microRNA通过致癌或抑癌基因影响癌症发展。将非编码RNA(包含microRNA和lncRNA)、基因和信号通道、癌症构成三元网络,更好地分析非编码RNA在网络中的特征。本课题从网络结构和生物功能等角度,探讨非编码RNA和癌症的关系以及作用机制,为癌症相关的非编码RNA标志物的寻找以及计算模型开发提供理论指导。