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黑松（Pinus thunbergii）、赤松（P. densiflora）是重要的松类针叶树种。黑松和赤松等松类树种间存在着种间杂交现象。本研究以6份黑松单株、8份赤松单株和16份黑松、赤松混交林的自然更新幼树为试材，PCR扩增获得了其ITS11序列区和cpDNA中的trnL-F序列区，分析了这些序列的特点，以期为黑松、赤松遗传进化和亲缘关系分析提供借鉴。主要研究结果如下：1、共获得12个ITS1序列，其G+C含量为48.7%-52.6%，平均G+C含量为50.6%，所有序列间有72个差异位点，有166个缺失位点。获得的29个trnL-F序列G+C含量为49.7%-54.6%，平均G+C含量为51.3%，包括506个变异位点，799个缺失位点。2、12个ITS1序列样品中有8个样品（黑松HZ2、HZ3、HZ4、HZ5，赤松CT5，自然更新幼树HC2、HC4、HC6）的比对结果没有特异性位点。另外4个样品（黑松HZ1；赤松CT7；自然更新幼树HC1、HC3）在第224个位点上出现G/A粘合性重叠。trnL-F序列在29个样品中测得5个差异位点，包括4个碱基替换位点和1个碱基插入或缺失位点。3、由ITS1序列构建的系统发育树，trnL-F序列构建的系统发育树，都将黑松HZ1、HZ4，赤松CT7，自然更新幼树HC1、HC3（A组）与黑松HZ3、HZ5，赤松CT5，自然更新幼树HC2、HC4、HC6（B组）聚合到了一起，且支持率大多在82％以上。ITS序列间的Kimura2-parameter进化距离范围在0.000-0.612。 trnL-F序列间的Kimura2-parameter进化距离范围在0.000-1.025。A、B两组间的进化距离均小于0.037。在ITS1序列与trnL-F序列的系统发育树中，黑松、赤松及自然更新幼树的个别单株会聚在同一分枝，在ITS1序列与trnL-F序列均存在着差异位点和信息缺失位点，这表明黑松、赤松ITS1序列和trnL-F序列在单株间存在多态性，差异位点的存在也为黑松、赤松及其杂种的分子鉴定提供了可能。