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牛巴贝斯虫病（Bovine babesiosis）是由巴贝斯科巴贝斯属的原虫寄生于牛类动物红细胞内所引起的蜱传血液原虫病。该病对牛群危害严重，病牛贫血、血尿、迅速消瘦，病程后期死亡率高，对畜牧生产造成重大损失。因此，建立准确、灵敏、快速的检测、诊断技术，对该病的早期诊断、流行病学研究和综合防治具有重大意义。(Ⅰ)为建立牛巴贝斯虫(Babesia bovis)的TaqMan实时荧光PCR检测方法，本研究根据GenBank中牛巴贝斯虫的18S rRNA基因保守序列，设计引物和TaqMan探针，通过优化反应体系，建立检测牛巴贝斯虫的实时荧光PCR方法。试验结果表明：实时荧光PCR对靶基因的最低检测值为1.31×101copies/μL，比常规PCR的敏感性高1000倍；而且与牛的其他血液原虫无交叉反应；组内及组间重复性试验的变异系数均小于2%，具有良好的重复性；在23份被检样品中，实时荧光PCR和常规PCR的检出率分别为52.17%和30.43%。(Ⅱ)根据双芽巴贝斯虫（Babesia bigemina）18S rRNA基因的保守序列，设计特异性引物和TaqMan探针，建立了检测双芽巴贝斯虫的实时荧光PCR方法。该方法灵敏度高，最小检出量为1.1×101copies/μL的标准质粒，比常规PCR灵敏1000倍；重复性好，组内和组间重复性试验的变异系数分别为0.21%～1.14%和0.31%～1.50%，均小于2%；特异性强，对牛常见的其他两种血液原虫和健康血液无交叉反应。用建立的实时荧光PCR和常规PCR分别对30份临床样品进行检测，实时荧光PCR和常规PCR的检出率分别为30%和16.7%。(Ⅲ)分别应用本研究建立的实时荧光PCR对采自新疆部分疑似区牛（牦牛）样品（N=590）进行了牛巴贝斯虫和双芽巴贝斯虫检测，牛巴贝斯虫阳性率为7.12%，双芽巴贝斯虫阳性率为6.10%；喀什地区的牛巴贝斯虫和双芽巴贝斯虫阳性率较高，分别为13.33%和11.67%；犊牛对牛巴贝斯虫和双芽巴贝斯虫的感染率均高于成年牛，阳性率分别达到了9.52%和8.73%；牦牛的感染率高于其他品种。与ELISA和血涂片镜检结果对比表明，实时荧光PCR更能特异准确的确诊巴贝斯虫感染。本研究建立的实时荧光PCR检测方法，可以灵敏、特异的快速定性检测巴贝斯虫（Babesia bovis、Babesia bigemina），可用于该病的流行病学调查、日常监测，为蜱传原虫病的早期诊断和及时防治提供快速有效的检测手段，为蜱媒病的相关研究提供技术支持。