烟草属是茄科的一个重要成员,茄科包括很多重要的作物,比如西红柿,辣椒,马铃薯,茄子等。烟草是全球非常重要的经济作物,并且是科学研究中重要的模式生物。在本论文中,我们主要对六种野生二倍体烟草进行了比较分析。野生种有助于研究各种各样的特征,比如抗性。对这六种烟草野生种(N. glauca, N. noctiflora, N. cordifolia, N. knight iana, N. setchellii, and N. tomentosiformis)进行了RNA-seq测序。每个烟草物种产生了9.0-22.3Gb的测序clean reads。这些clean reads进行从头组装,产生了67,073-182,046的转录本,这些转录本的长度都是大于100 bp。对这些转录本进行ORFs预测,每个物种中90%以上的ORFs在NR库中有功能注释。对这六个烟草野生种和西红柿进行基因家族分析,总共找到了2,491个单拷贝基因家族,这些单拷贝基因用于系统发育树的构建。我们运用生物信息的方法来鉴定这六个野生烟草转录组中的抗性基因,跟抗性有关的转录因子家族和烟碱转导基因。这是第一次报道六个烟草野生物种的转录组并进行没有参考基因组的从头组装。这些转录组序列有助于识别跟植物防御有关的基因和烟草中某些重要质量性状有关的基因,能够加快烟属或茄科中物种的功能基因组研究和遗传物质的改善。