中华白海豚是我国一种濒危的海洋动物，它的数量已经下降至1000多头，濒临灭绝的边缘。为了制订有效的保护策略，我们收集了中国不同水域的中华白海豚样品，选择了线粒体DNA(mtDNA)控制区和主要组织相容性复合体(MHC)Ⅱ类Ⅰ)QB和DRB基因作为分子标记，深入地分析了中华白海豚种群的遗传多样性现状。本研究的主要结果有： 成功扩增了45头中华白海豚个体mtDNA控制区5’端329bp序列片段，发现了30个变异位点并定义了5个单倍型。中华白海豚种群呈现出极低的mfDNA控制区遗传多样性水平，整个种群的单倍型多样性和核苷酸多样性分别是0.320±0.087和0.0050±0.002。而现存中华白海豚数量最多的珠江口群体单倍型多样性和核苷酸多样性仅分别为0.221±0.121和0.00128±0.00070。 在45头中华白海豚个体中，单倍型A是最常见的单倍型，它共在37个体中发现，其他4个单倍型仅在剩下的8个体中发现。3个中华白海豚群体一珠江口、厦门和广西群体之间配对比较，基于单倍型频率的Fst和基于距离的Ost均未达到统计学显著意义。表明这3个中华白海豚群体没有产生显著的遗传分化。 构建的中华白海豚与海豚科其他物种的mtDNA控制区序列系统发生关系提示，厦门群体中可能存在着另一个迥然不同的mtDNA控制区单倍型世系。另外系统发生分析还表明，中华白海豚更接近于一些在热带海域分布的海豚属物种，例如Tursiops，Stenella和Delphinus等。而不是传统分类学认为的Sotalia和Steno。 成功地扩增了19头中华白海豚个体MHC Ⅱ类DOB和DRB基因第二外显子序列片段。在DQB基因第二外显子172 bp和DRB基因第二外显子215 bp序列片段中，分别发现了24和32个变异位点，共定义了11个DQB和8个DRB等位基因，其中有6个DQB和3个DRB等位基因只在一个克隆中发现。在一些个体中，每个个体发现了3个DQB或DRB等位基因，表明DQB和DRB基因均发生了复制。中华白海豚种群较高的MHC多样性水平可能是由于其栖息于近海河口，处于淡水环境和海洋环境的交汇处，较高的病原体多样性水平所致。 MHC等位基因在中华白海豚种群中的分布呈现极端的不平衡性，DQB<*>0101、DQB<*>0402、DRB<*>0103和DRB<*>0401在大部分个体中发现，而其他等位基因只在少数个体中发现。结合mtDNA控制区单倍型相似的分布模式，体现了遗传漂变在小规模群体中的巨大作用。DQB和DRB等位基因在珠江口群体和厦门群体间的分布差异很小，表明这两个群体之间并没有产生显著的遗传分化。 在中华白海豚所有DQB和DRB等位基因中，都没有发现有插入、缺失和终止密码子的出现，表明这些等位基因可能在体内具有功能作用。在DQB和DRB等位基因中，每个位点的异义突变率都高于同义突变率。进一步发现，这些氨基酸的替换大部分发生在被认为跟外源蛋白结合具有重要作用的位点—抗原结合位点(PBR)中，且替换的氨基酸间理化性质往往不同。表明中华白海豚DQB和DRB基因均遭受到平衡选择的作用。 与一些经历过瓶颈效应的物种相似，中华白海豚等位基因间序列歧义度很大，这提高了中华白海豚种群个体间的差异，增强了其对多样性病原体的抵抗能力。