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红斑后海螯虾（Metanephrops thomsoni）在动物分类学上属节肢动物门（Arthropoda）、甲壳纲（Crustacea）、软甲亚纲（Malacostraca）、十足目（Decapoda）、海螯虾科（Nephropidae）、后海螯虾属（Metanephrops），广泛分布于中国黄海南部、东海和南海，以及日本和菲律宾海。栖息于200米左右水深的深海沙泥底洞穴中，以各种海底生物及小鱼为食。因栖息水深较其他后海螯虾浅，故较常捕获，具有良好的经济价值。国内外有关红斑后海螯虾的报道不多。本文先应用16S rRNA对红斑后海螯虾进行分子识别，然后对南海海域三个地理群体（海南附近海域：N18°30′～19°，E111°30′～112°30′；北部湾口海域：N15°41′，E110°40′和南沙群岛海域：N5°20′～29′，E110°09′～111°26′）的红斑后海螯虾进行ITS1序列的扩增测序分析，旨在揭示南海红斑后海螯虾的群体分化特征，为南海红斑后海螯虾的研究积累基础数据。16S rRNA基因适合于遗传多样性、种类鉴定和亲缘关系的研究，已广泛应用于甲壳动物、软体动物和鱼类等水生生物的分类研究。本实验获得的红斑后海螯虾16SrRNA序列片段560bp（GenBank No. JQ229830）经blast与已经测定的红斑后海螯虾16S rRNA的序列片段EU882878、EU186119和EU186120重合部分相似度均为99%，证实了本实验所取的样本为红斑后海螯虾。本文对三个地理群体的红斑后海螯虾的ITS1序列进行扩增测序，经过blast剪切18S rRNA和5.8S rRNA片段，分别得到海南群体616～623bp、北部湾口群体619bp和南沙群体614bp的ITS1全长序列，A、G、T、C含量平均分别为22.3％、29.4％、17.8％和30.6％；其中562个保守位点，39个多态位点，33个插入和缺失位点。序列保守性0.935，核酸多样性0.02685。共检测到4种单倍型（GenBank No. JQ229831～JQ229834），其中海南群体两个单倍型，统计显著性P <0.02；4种单倍型之间的遗传距离为0.018～0.048。MP、ML、NJ和ME聚类分析均显示三个地理群体共聚为三个大支，其中海南群体有群体分化。三个地理群体样本整体的固定指数Fst=0.96111，邻近统计指数Snn=1.00000，P <0.001，表明三个地理群体整体分化极显著；Nm=0.01，表明三个地理群体间几乎没有基因交流。南海海域的红斑后海螯虾基本服从群口扩张模型，不匹配分布图呈现4个波峰显示其经历过明显的群体扩张过程。