miRNA多重调控模式的影响因素分析与算法研究

来源 :清华大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xytim021
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
微小RNA(microRNAs,简写为miRNA)是一种19-25nt长的单链非编码小分子RNA。它广泛存在于动物植物体内,通过与mRNA 3’非翻译区域(3’UTR)上靶点基因位点部分或完全结合,引起翻译抑制或mRNA降解,从而在整个生命体的生长,发育、增殖、分化、凋亡、细胞周期、肿瘤形成,细胞死亡等多种生理过程中都起着重要作用。 miRNA的作用规律是miRNA研究的重要领域之一,现在一般主要侧重于研究单条miRNA与单个基因之间的相互作用,在多个miRNA对单基因的作用规律及影响因素方面很少涉及。 为了弥补上述不足,本文对单个基因受多条miRNA调控情况下, miRNA与基因之间的相互作用的规律及影响因素进行了分析。首先研发了整合生成预测程序COPREDICT,再将该软件提供的调控某个基因表达的多个候选miRNA的作用靶点进行靶点间的竞争性和协同性分析,将竞争性和协同性作为加权因素,并通过shuffle,Wilcox显著性检验,筛选出新的一批有效靶点。然后进行miRNA的抑制效果与靶基因的UTR长度、有效靶点数、靶点密度、平均自由能、序列匹配分等因素之间的相关性分析,揭示出有效靶点数,协同作用靶点加成数及靶点密度等对基因有显著调控作用,而平均自由能和序列匹配分则无显著影响, 在此基础上,通过逐步回归,初步建立了多因素与基因所受抑制率之间的数学模型。从而为进一步建立miRNA多重调控模式的分析软件奠定了基础。
其他文献
随着人们的消费能力不断提升,琳琅满目的商品被购买回来丰盈了我们的生活,收纳在日常生活中的重要性日益凸显,成为了我们追求品质生活的一项重要举措。与此同时,线上购物早已成为习以为常的一种购物方式,有数据表明,用户已经不满足于线上购物平台仅解决传统的供需关系,网购平台的体验、趣味、分享等能力显得更为重要。在这种背景下,通过分析总结收纳品牌线上购物体验的现状,改善其不足之处,同时创造新的趣味性体验,为人们
本文基于Hamilton作用量在无限小Lie群变换下的不变性,研究可控非完整系统与机电动力系统的对称性和守恒量问题。包括系统的Noether对称性、Lie对称性理论,并研究了机电动力系统的Noether几何理论。本文共分为三章。 第一章研究可控非完整系统的对称性和守恒量问题。通过将Lie群分析方法引入可控非完整系统,给出系统的变分原理、Noether对称性、广义Noeth
电流变液是一种新型智能材料,在外加电场的作用下呈现屈服应力流体特性,其应用前景极为广泛。本文主要研究了两平行圆盘间幂律流体和电流变液的挤压流特性。 本文首先分析了具有部分滑移条件的幂律流体圆盘挤压流特性。假设圆盘边缘具有滑移速度Vs,并引入无量纲量δ来描述壁面上的滑移程度。本文得到了幂律流体圆盘挤压流的速度场,压力场以及挤压力。壁面上的滑移速度与径向坐标r成正比。当滑移系数增
目的 本研究通过选取左心疾病所导致的肺高压患者为主要研究对象,探究多种临床指标对左心疾病相关肺高压的预测能力,希望通过联合多种临床指标为早期诊断肺高压提供理论依据。方法 本研究一共纳入297名住院和门诊患者入组。记录患者人口学资料、超声心动图指标、静脉血检测的生化标志物水平。使用SPSS 26.0软件和R 4.0.2处理数据,使用Kruskal-Wallis H检验左心疾病相关肺高压患者之间多种临
随着新环境保护法的实施和水污染防治法的修订,国家对垃圾填埋场渗滤液的排放要求更高,虽然多数填埋场都已采取了MBR、SBR、纳滤、超滤和反渗透等工艺,但是排水超标现象仍然很突出,当务之急是提高渗滤液的可生化性和生化出水的达标技术研究。本研究以鄂东某垃圾填埋场的渗滤液为例,在其处理工艺及水质现状调查基础上,选取垃圾填埋产生的原渗滤液废水以及渗滤液生化处理出水作为研究对象,其中渗滤液原水采用铁碳微电解进
伴随税制改革的不断深入,现代化的财税体制正在逐步建立,我国税源管理面临着越来越多的挑战和难题,税源网格化管理理念的应用为我们探究提升基层税务机关税源管理水平,更好地获取税源信息提供了理论和技术的支撑。本论文在大量查阅资料的基础上,采用文献研究法、比较分析法、案例分析法、访谈法等研究方法,应用了信息不对称理论、新公共管理理论、税收遵从理论等最新理论成果。以武功县税务局为实例,介绍了基层税务机关开展税
低维量子结构和材料以其在电子工业中广阔的的应用前景在近年得到了广泛的关注。基于密度泛函的第一原理方法则在低维材料的研究中扮演了从根本揭示材料与器件的物性的重要角色。本文关注于第一原理计算方法及其进展,并同时注重把这些方法应用于最新的国际上研究的热点材料的机理研究中 表面是固体和外界反应的位置,是固体最为活跃的区域。诸如在化学催化、电子工业制造中,表面起着重要的作用。由于表面具
随着生物科学的不断发展,人们对细胞膜的研究日趋广泛和深入。细胞膜结构和功能的研究已成为生物学、化学和物理学交叉的热门科学。细胞膜是细胞内部和外部环境的分界面,在生命活动中发挥着极其重要的作用。真实的细胞膜是一个十分复杂的系统,脂质极性分子在水溶液中自组织形成的双分子层是细胞膜最基本的结构组成,而蛋白质分子则镶嵌在双分子层中以实现细胞内外物质与信息的交流及其它一些生物功能。因此,通过研究人工合成的两
在大颗粒增强复合材料本构模型中引入估算局部流动应力的系数,并对整个本构模型补充了较为全面的空洞及颗粒演化规律,由此重新推导出了新的颗粒增强复合材料的刚塑性细观损伤本构模型,并给出了可方便嵌入到有限元程序中的一阶近似本构模型。重构后的本构模型为深入分析空洞及颗粒演化对颗粒增强复合材料力学特性的影响提供了有效的工具。 为验证颗粒增强复合材料刚塑性细观损伤本构理论的合理性和可靠性,模拟
为开发一种适宜于沙土中应用的保水剂,以淀粉、丙烯酸为基材,碳酸钾为中和剂,采用辐射法合成了一种淀粉/聚丙烯酸钾保水剂材料,研究了原料配比、中和度、辐照剂量对吸水性能的影响;利用离心法分析了保水剂的保水性能;采用沙土应用探讨了保水剂的持水性能、固沙性能.结果表明,得到良好吸水性能淀粉/聚丙烯酸钾保水剂的配方为淀粉与丙烯酸配比1∶3、中和度80%、辐照剂量7kGy.淀粉与丙烯酸配比、中和度、辐照剂量对