我国的新型农村合作医疗基金制度(以下简称新农合医疗基金)建立于2002年10月,并在2009年确立农村基本医疗保障制度的地位。政府推行新农合医疗基金制度,旨在促进农民医疗的互助共济,有利于国计民生,而对新农合医疗基金的审计则是保障这一制度健康发展的必要之举。现阶段,我国对新农合医疗基金的审计重视政策制度落实情况、改革措施推进情况、基金管理使用情况,审计内容全面,审计方法灵活,在过去的几年取得了较好的工作效果。不过,新农合医疗基金审计仍然面临着一些困难:法律法规不完善,开展审计工作的过程受到限制;医疗机构点多面广,对于查出的问题屡查屡犯,而我国的审计资源相对较少,审计难度大;定点医疗机构信息过于封闭,致使审计效率大打折扣;审计建议信息量不足,政策性建议较少;事后监督的方式过于被动,审计的威慑作用受到影响。我国审计署关于新农合医疗基金的审计开始于2010年,在这次审计过程中发现了挪用、套取新农合基金、虚报参合人数、擅自扩大补偿范围等问题。而在2016年审计署在此开展的医疗基金审计过程中,再次发现了挤占挪用基金、重复参保、虚假就医等问题。除此之外,在近年来部分省市也披露新农合医疗基金管理不规范存在常态化问题。在这样的背景下,本文结合新农合医疗基金相关的政策和各省市的案例,分析新农合制度存在的漏洞,并对新农合医疗基金审计存在的问题及对策进行研究。首先,本文分析了新农合医疗基金制度运行中存在的控制层面的问题,其次,探究在审计过程中对这些问题的应对措施有何不足之处,最后,分别在绩效审计、审计整改和审计监督等几个方面提出一些改进措施,以期能为我国新农合医疗基金审计的改革和完善提供有效的意见。