学术自由与大学自治，是大学在法治国家中之所以具有“特殊性”的理论根源，从宪法学、行政法学的视角对之进行系统的研究与分析，是厘清大学领域多个主体之间的法律关系、寻求各类纠纷的救济机制，从而维护大学的良好运行、保障主体权利的关键之举。　　学术自由已成为现代各国宪法明确规定或隐含其中的基本权利。第一章主要就学术自由的性质、主体、内容及其界限分别予以阐述。学术自由是一项具有宪法位阶的权利，原则上应该是任何人都可能享有的基本权利，兼有主观权利与客观规范两个层面的功能;大学教师是学术自由的最主要的权利主体，而大学生在学校中则不仅是教师知识传授的客体，而是以独立自主的身份参与学术讨论的大学成员之一，是学术的共同研究者;学术自由不保护任何一种学术观念或理论，而是保护学术活动的各种形式，大致包括研究自由、研究结果的发表自由以及研究结果的传授自由;学术自由不是不受任何限制的基本权利，应谨守基本权利的外部界限、内在界限以及限制基本权利的界限。　　现代意义上的大学自治不再以独立形态存在，而是以与学术自由紧密结合的样式出现。第二章从制度性保障理论入手具体阐述了大学自治与学术自由两者之间的紧密关系，并在此基础上对大学自治的性质、范围作出了界定。大学自治是依学术本质而有的自治，是具体落实宪法对学术自由的保障而以制度层面予以确定的手段，应受宪法直接保障，而非法律所创设。大学自治并不是以大学的学术自由的形态出现，大学不是学术自由的权利主体，大学自治不等于学术自由本身，两者是手段与目的的关系。大学自治是受宪法所直接保障而非仅为法律所授权，大学自治的范围不等于法定范围的自治，并非可以用数学式的、机械的方式来加以切分，具体理解时应从“原则性规定”加上“例示性规定”两个层次来加以把握，原则上直接与研究、教学等学术有关的事务均应属于大学自治的范围。　　由于学术自由这一项基本权利的确立，形成了为保障学术自由而受宪法直接保障的大学自治，从而使大学领域具有了一定的“特殊性”，承认大学有一定的自主空间，但这并不意味着大学自治是不受限制的、绝对的自治，并不是承认现代法治国下还存在着一个“治外法权”，大学自治在法治下应有相应的界限存在。第三章首先从大学自治在处理对内、对外关系时应有所区别入手，指出了在思考法治下大学自治的界限时，对外应强调不受国家公权力的不当干涉，对内则更应强调对主体权利的保护，在处理具体问题时应注意思维角度的适时转换。　　其次，从对内关系来审视大学自治下的特殊性，这种特殊性主要表现为大学拥有自治规章的制定权及在此基础上的自主管理权，其在制度设计上与传统特别权力关系下排除法治主义适用的特点是根本不同的，是法治下的特殊性保留。　　再次，从对外关系来看大学自治与法律保留，应跳出传统“立法权”与“行政权”的思维框架，更应集中审视“自治立法权”（内部规章、规则制定权）与“立法权”之间的关系，因此，大学自治虽不排除适用法律保留原则，但从对外关系上强调阻却外来的不当干预的功能取向来看，“立法权”在进入“自治权”的领域时，无疑应在一般情形下的重要性考量的基础上，加以对大学自治的顾虑，否则则有违宪法保障大学自治的用意。总体而言，大学自治下的法律保留是对一般情况下法律保留的有限适用，是一种框架性的、低密度的保留，尤其是在基本权利的保护上仍只强调基本权利的限制保留。　　最后，从对内对外关系来看大学自治与司法审查，从对内关系看大学自治应侧重主体权利的保护，所以应强调司法审查的必要性;从对外关系看大学自治则侧重于不受国家公权力的不当干涉，所以应强调司法审查的有限性。从对内关系上来看，法院对于学术自由与大学自治的尊重，不应以剥夺学生权利受损害时的救济机会为代价，基本人权保护的原则应该是必须予以遵守的，尤其是在大学自治本身难免存在对公民基本权利保障不足的前提下，司法的救济就显得尤为必要。从对外关系来看，一是司法审查范围的有限性，虽然在基本权利的保护上应全面遵守重要性理论，即如果学校规则涉及当事人重要或基本权利，那么原则上依据该规则所作出的决定就构成具体行政行为，有权对此提起诉讼，但在这之外的大学自治的领地应保留给大学及其成员，司法不得以基本权利保障为借口任意侵入其领地;二是司法审查强度的有限性，具体又区分为对与学术专业知识无涉的具体行为的审查和对与学术专业知识相关的具体行为的审查两大类:对于前者，具体行为本身的审查实际上并不涉及或很少涉及法院应对学术的判断予以尊重的问题，因为学校往往只是直接依据学校的自治规章而作出具体行政行为，关键的环节实际上在于法院应如何审查学校的自治规章;对于后者，属于典型的学术行为，属“专门技术性判断”范畴，对于这类行为，学校作为专家，其所作出的判断应具有绝对优势，作为外行的法院应予以相当的尊重。对于这类行为的审查，原则上只进行程序性审查，不得进行实质性审查。但是随着社会的发展、理论的完善，所谓“专业的判断”、“专长”也并非那么绝对，法院绝对不作实质性审查的原则也出现了松动，不能一概排除对其部分适用裁量权的逾越和滥用的法理的可能性，应在个案中作进一步的考量。