2008年11月欧盟通过法案决定对所有抵离欧盟的民用航空公司征收碳排放税，这一法案的出台引发了激烈的国际争议，同时标志着“低碳经济”已经到来，也预示着全世界各行各业都需要在制定战略的过程中将低碳因素考虑在内。而作为对企业进行监督与管理的重要手段，公司的绩效评价就需要进行调整，以利于各公司更好的适应低碳经济提出的新要求。本文选取了高碳排放的航空业作为研究客体，设计出低碳经济时代背景下的航空公司综合绩效评价体系。基于已有的低碳经济理论与企业绩效评价理论和航空公司绩效评价理论，本文针对航空公司建立了包含低碳因素的三层绩效评价指标体系，具体包括3个一级指标、10个二级指标与25个三级指标，涵盖了经济、社会与环境三方面的内容。在此基础上，本文又利用突变级数法构建了绩效评价模型，突变级数法能够很好地克服各指标赋予权重的主观性，使构建的航空公司综合绩效评价指标体系更具科学性。最后，本文利用构建的综合绩效评价模型对东航、南航与国航三家航空公司进行了横向对比，并针对评价结果提出了相应的对策建议。