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死亡受体6是肿瘤坏死因子受体超家族的成员之一,其在体内多种组织和细胞如心脏,大脑,胎盘,胰腺及多种免疫器官如胸腺,脾脏,淋巴结和骨髓中广泛表达,但在成人的肝脏及外周血细胞中的表达量较低。死亡受体6在某些肿瘤发生,多发性硬化症,神经退行性疾病如阿尔齐默症及自身免疫疾病的发生和发展过程中起关键作用,此外DR6也参与天然免疫和适应性免疫应答的调节。
鉴于死亡受体6在多种生理和病理情况下的重要性,我们用X-射线晶体学方法解析了死亡受体6胞外段半胱氨酸富集区的结构。由于蛋白质一级序列的同源性较低,我们通过硫的单波长反常散射法获得了相位。为了探索长波长(超过2.5(A))下硫的单波长反常散射法在获取相位时的可行性,我们比较了分别在2.0(A)和2.7(A)的波长下收集的数据。尽管在非最佳的实验条件下,采用2.7(A)的波长收集的数据显示了硫的反常散射法获得相位的潜力。我们发现在反常散射信号相对较强时,Rano/Rp.i.m.比值是一个评价反常散射数据质量的一个指标,而使用SHELXC计算的d"/sig(d")值是一个比较敏感和稳定的一个指标,其能评估一系列质量不同的反常散射数据。最后,通过参数空间筛选方法,我们成功地用X2DF流水线通过硫的单波长反常散射法解析了手工计算不能得到正确的解的结构。
死亡受体6胞外段的半胱氨酸富集区共含有9对二硫键,其呈现出一个伸展的较弯曲的棒状结构,其包括一个部分的富含半胱氨酸结构域CRD1和三个完整的CRDs。其中部分的CRD1含有一个B2模块,而CRD2,CRD3和CRD4分别含一个A1-B2,A1-B1和A1-B1模块,其中模块间具有广泛的分子内相互作用。死亡受体6的半胱氨酸富集区的整体结构和二硫键模块的组织形式与己解析结构的肿瘤坏死因子受体很相似,然而不同的受体表面电势差异较大,二硫键之间的序列长度的变化及氨基酸残基的差异提供了配体特异性的结构基础。通过与p75NTR结构的比对,未能发现死亡受体6胞外段存在保守的氨基酸残及组成的表面能识别同样的受体N-APP。我们通过一系列生化和生物物理研究发现N-APP不是死亡受体6的高亲和力配体,其在溶液中不能形成稳定的复合物来进行晶体学研究。
通过小角X-射线散射研究,我们发现死亡受体6的胞外段是一个二聚体,其二聚化作用表面位于半胱氨酸富集区之后,跨膜段之前的茎区。在溶液中,两个死亡受体6的半胱氨酸富集区以其凸面相互面对,其中两个CRD1和CRD2相距较远,CRD3和CRD4相距较近,而茎区没有常规的二级结构,可能柔性较大。我们推测当有配体时,死亡受体6的CRD2和CRD3之间的hinge区可以发生相对移动,其通过构象改变使得两个分子的凹面互相面对来适应配体的结合。