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崇明东滩海三棱藨草（Scirpus mariqueter）盐沼湿地是长江口湿地生态系统的重要组成部分,也是亚太地区候鸟南北迁徙途中栖息和觅食的重要场所。自上世纪90年代以来,互花米草（Spartina alterniflora）入侵崇明东滩,导致海三棱藨草的分布面积锐减,盐沼湿地生态系统的结构和功能遭到破坏。为抵御互花米草进一步扩张和为候鸟提供适宜的栖息环境,近年来崇明东滩开展了海三棱藨草的生态修复工作。已有研究认为盐沼植被变化会对沉积环境的理化性质及底栖动物群落产生影响,但前人的研究较多采用空间对照代替时间对照,且主要以大型和小型底栖动物为研究对象。而大型和小型底栖动物的繁殖周期较长,环境变化之后需要若干年的时间群落结构才能够达到平衡。与之相比,纤毛虫原生动物具有生命周期短、对环境变化反应极为敏感等特点,可在更短时间内对环境变化作出响应。因此,本研究于2019年8月至2021年8月,在崇明东滩堤外对互花米草实施生物替代的海三棱藨草修复区和海三棱藨草自然生长区两种生境中开展了为期两年的研究工作。一方面,分析海三棱藨草修复区与天然区的底栖纤毛虫群落物种组成和多样性差异,并结合环境因子分析驱动底栖纤毛虫群落差异的主要因素;另一方面,分析海三棱藨草修复区在修复前和修复后第5年底栖纤毛虫群落的变化,并结合环境因素探究生态修复工程对底栖纤毛虫群落的影响。主要结果与结论如下:（1）在海三棱藨草修复区与天然区共鉴定出122种底栖纤毛虫,隶属于10纲23目46科58属。修复区的优势物种组合为Holophrya aklitolophon、Loricophrya susannae和Kentrophyllum setigerum,天然区的优势物种组合为Holophrya aklitolophon、Pseudocyclidium marylandi、Holophrya caspica、Platynematum salinarum、Zosterodasys minutus、Kentrophyllum setigerum和Litonotus bergeri。非度量多维尺度分析（NMDS）和置换多元方差分析（PERMANOVA）表明修复区与天然区的底栖纤毛虫群落物种组成差异显著（P＜0.05）。生物环境分析（BIOENV）表明盐度、粒度、铵态氮、小型底栖动物丰度和生物量是解释修复区与天然区纤毛虫群落物种组成差异的最佳环境因子组合（R=0.406,P＜0.05）。（2）在群落多样性方面,海三棱藨草修复区的底栖纤毛虫群落物种数、丰富度指数、均匀度指数和香农-威纳指数极显著低于天然区（P＜0.01）。皮尔逊相关性分析（Pearson分析）表明纤毛虫群落多样性的差异主要与盐度、粒度、铵态氮、小型底栖动物丰度和生物量相关。（3）海三棱藨草修复区在修复前和修复后分别鉴定出113种和74种底栖纤毛虫。生态修复前的优势物种组合为Pseudochilodonopsis sp1、Spathidium sp1、Chaenea minor、Kentrophoros sp1、Holophrya caspica、Amphileptus lanceolatus、Parauronema sp2、Uronema sp1、Chlamydodon minutus、Prorodon diaphanous、Chaenea stricta、Haptorida sp2和Pseudochilodonopsis algivora。生态修复后的优势物种组合为Holophrya aklitolophon、Loricophrya susannae和Holophrya caspica。NMDS分析和PERMANOVA分析表明修复区在修复前和修复后的底栖纤毛虫群落物种组成差异显著（P＜0.05）。BIOENV分析表明盐度和粒度是解释修复区在修复前和修复后底栖纤毛虫群落物种组成差异的最佳环境因子组合（R=0.207,P＜0.05）。（4）在群落多样性方面,海三棱藨草修复区在修复后的底栖纤毛虫群落物种数、丰富度指数和香农-威纳指数极显著低于修复前（P＜0.01）,但均匀度指数差异不显著（P＞0.05）。Pearson相关性分析表明盐度和铵态氮是影响底栖纤毛虫群落多样性的主要环境因子。综上所述,海三棱藨草修复区与天然区的底栖纤毛虫群落物种组成存在显著差异,修复区的底栖纤毛虫群落多样性极显著低于天然区;修复区在修复前和修复后的底栖纤毛虫群落物种组成存在显著差异,优势物种组成发生了转变,修复后的底栖纤毛虫群落多样性极显著低于修复前。据此我们推测:修复区与天然区的底栖纤毛虫群落物种组成与多样性差异主要是受长江冲淡水影响。长江冲淡水造成了盐度、粒度和营养盐等因素的空间分布差异,进而对底栖纤毛虫群落产生了影响。此外,小型底栖动物与底栖纤毛虫之间的捕食和竞争关系也对后者产生一定的控制作用。修复区在修复前和修复后底栖纤毛虫群落物种组成与多样性的变化主要受生态修复影响,生态修复工程将原有的互花米草盐沼人工替代为海三棱藨草盐沼,促使滩面沉积物粒径变小,进而提高了沉积物中有机质的含量。此外,海三棱藨草相较于互花米草的生物量低,对氮的吸收能力不足,导致了上覆水中铵态氮含量增加,使湿地环境中存在轻微的富营养化状况,从而对底栖纤毛虫群落多样性产生了负面影响。本研究通过探究底栖纤毛虫群落与盐沼湿地环境变化之间的关系,为长江口海三棱藨草盐沼湿地的生态修复建言献策,为全球气候变化条件下盐沼湿地的保护与监测提供可参考的依据。