桑树作为一种重要的经济作物,分类系统一直存在不同的观点。叶绿体和线粒体基因组是一个物种全基因组的重要组成部分,被广泛应用于研究植物的系统进化。本研究利用高通量测序技术对栽培种鲁桑（Morus multicaulis Perr）“湖桑32号”和广东桑（Morus atropurpurea Roxb）“伦教40号”的叶绿体和线粒体基因组进行测序,结合Gen Bank数据库中已经公布的基因组数据,进行了全面的基因组学和进化分析。主要研究结果如下。1、桑树叶绿体基因组测序、分析结果为:桑树叶绿体基因组为典型的四分体结构,鲁桑“湖桑32号”叶绿体基因组全长为158,817 bp,CG含量为36.24%,大的单拷贝区（Large single copy,LSC）长87,880bp,小的单拷贝区（Small single copy,SSC）长为19,835bp,两个反向重复区（Inverted repeat region）长为25,551 bp。广东桑“伦教40号”叶绿体基因组全长158,776bp,GC含量为36.26%,SSC和LSC的长度分别是19,750bp和87,670bp,IR区长25,667 bp。二者都注释113个功能基因,其中79个（Protein coding gens,PCGs）,30个t RNA和4个r RNA,PCGs占全长的43%左右。桑属植物叶绿体基因组的基因数目、种类以及CG含量非常相似。基于叶绿体基因组序列对桑属植物和其他科的植物进行聚类分析,发现桑属植物和蔷薇科聚为一类;鲁桑和广东桑聚为一类,说明有较近的亲缘关系。进一步将含有SNP位点的Psb A基因序列应用于桑树种质资源鉴定,得到桑属为单系,为桑种质亲缘关系鉴定提供了新的思路。2、桑树线粒体基因组测序、分析结果为:桑树线粒体基因组为环状结构,鲁桑“湖桑32号”线粒体基因组全长为361,546bp,C G含量为45.42%,注释54个功能基因,包括31个蛋白编码基因、3个r RNA和20个t RNA。广东桑“伦教40号”的线粒体基因组全长395,412 bp,C G含量为45.50%,共57个功能基因,其中32个PCGs、22个t RNA和3个r RNA。基因编码区只有全长的8%左右,大部分都是非编码区。在鲁桑中鉴定出212个分散的重复序列占全长的8.93%,广东桑中216个分散的重复序列占全长的9.44%。二者线粒体和叶绿体基因组之间的同源序列分别占全长的7.80%和8.56%。研究发现大量的重复序列和基因组之间DNA迁移是造成线粒体基因组扩大和变异的主要原因。鲁桑中和广东桑中线粒体基因组中分别预测了377和373个RNA编辑位点,最后首次将桑树线粒体基因组序列应用于进化分析,将桑属植物和其他科的双子叶植物进行聚类分析,分类依旧明显,三个桑属品种聚为一类,然后和豆科聚在一类。本次利用高通量测序技术对鲁桑和广东桑叶绿体和线粒体全基因组测序、组装和注释,并进行了全面的基因组学分析,为今后桑属植物系统进化、物种鉴定等相关研究提供了新的思路,同时也丰富了桑属植物的全基因组数据库。