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[目的]宏基因组下一代测序(mNGS)可直接检测感染性疾病的病原体,对复杂的下呼吸道感染(LRTIs)的诊断具有重要的参考价值。本研究探讨用mNGS检测肺泡灌洗液病原微生物在初始经验性治疗无效的LRTIs诊治中的应用价值。[方法]以2018年9月至2019年10月昆明医科大学第一附属医院、920医院、云南省第三人民医院、昆明市第一人民医院呼吸与危重症医学科拟诊下呼吸道感染,对初始经验性抗感染治疗无效的37例患者作为研究对象。采集所有患者的支气管肺泡灌洗液(BALFs),送mNGS及常规病原学检测(培养和涂片)。分析判读mNGS及常规病原学检测结果,比较两种方法在病原菌检出率及耗时方面的差异。依据mNGS检测结果并结合患者的临床资料,判断病原菌及推测病原菌的耐药性,并调整抗感染治疗方案。分析比较初始经验性抗感染治疗及依据mNGS结果调整治疗方案后抗感染治疗日均花费差异。结合患者的治疗效果及转归,探讨mNGS在LRTIs中的应用时机与价值。[结果]本研究中,37例初始经验性抗感染治疗失败的LRTIs患者的BALFs行mNGS检测,结果9例阴性,28例阳性,阳性率为75.7%,共检测出25种病原微生物,包括2种病毒(人巨细胞病毒、细环病毒),5种真菌(白色念珠菌、耶氏肺孢子菌、曲霉菌、隐球菌,烟曲霉),2种非典型病原菌(肺炎衣原体、嗜肺军团菌)、16种细菌。病原微生物检出最多的是肺炎链球菌(6例)和流感嗜血杆菌(6例),其次是肺炎克雷伯菌(5例)、大肠埃希菌(5例)、铜绿假单胞菌(3例)。培养法仅8例患者获得阳性结果,阳性率为21.6%,共检测出6种病原微生物,1种真菌(白色念珠菌)和5种细菌。两种方法检测阳性率进行对比,差异具有统计学意义(P<0.001)。传统检测阳性的8例患者中,mNGS检测均为阳性,传统检测阴性的29例患者中,有20例(70%)mNGS检测获得阳性结果。在28例mNGS检测阳性样本中,其中26例样本检测出的微生物被认为均是病原体,另外2例样本检出不确定的病原体。有5例样本结合临床资料,被推测可能为耐药菌感染。传统病原菌检测法平均耗时超过72小时,而mNGS仅为24小时。在37例患者中,有26例(70%)结合mNGS检测结果及临床资料改变了抗感染治疗策略。初始经验性抗感染治疗日均花费为612.33元,更改抗感染治疗方案后日均花费为429.48元,两种抗感染治疗方案日均花费比较,差异具有统计学意义(p=0.042)。[结论]1.mNGS应用于初始经验性抗感染治疗无效的下呼吸道感染比传统检测法具有更高的阳性率及检测效率,有助于快速明确病原微生物,说明在下呼吸道感染病例中,初始经验性抗感染治疗失败也可以作为mNGS的一个应用时机;2.mNGS检测结果结合临床数据,可快速纠正和弥补初始经验性抗感染治疗方案,实现精准、靶向抗感染治疗,可能有助于推测病原体的耐药性,并能节省抗感染治疗费用,最终改善临床预后。