中药、酒、香精香料、化工产品和食品等复杂多组分体系质量分析与控制是近几年研究的热点。指纹图谱是一种有效客观的复杂多组分体系质量控制和评价手段。通过对复杂多组分体系的指纹图谱进行差异性分析可以有效地找到待测样本与标准样本之间的差异,并且通过标准质谱检索,尽可能地找到产生差异的原因及差异的成分,为质量控制提供更准确的依据。因此以指纹图谱技术、复杂多组分体系的化学计量学算法,同时结合数据库技术和数据可视化技术,全面系统地表征复杂多组分体系的品质,最大限度地获取定性定量等品质信息,弥补了传统复杂多组分体系质量检验的局限与不足。本文首先分析了国内外关于复杂多组分体系质量控制的研究进展。概述了复杂多组分体系指纹图谱差异性分析系统里用到的数据预处理算法,包括数据剪切、数据归一化处理、色谱峰校正、谱峰匹配和相似度计算等算法。然后在分析用户需求的基础上,总结出系统的业务逻辑和功能模块,据此提出了系统的设计原则和整体架构,并进行了数据库的设计。依据设计好的系统架构,采用软件设计模式开发和实现整个系统,使系统具有良好的可重用性和可扩展性。其中,采用了MVC模式实现了整个系统的架构；采用数据库连接池技术解决了系统频繁进行数据库连接使得系统性能下降的问题,使得系统资源得到了有效地重用；采用备忘录模式实现了系统的Undo/Redo功能,使系统能进行任意次的重做和撤消；采用观察者模式实现视图的动态更新。最后通过一个具体的应用实例对差异性分析系统的全流程进行了详细描述。目前,此软件已在云南红河卷烟厂投入使用,针对其烟用香精香料指纹图谱进行差异性分析,美观大方的用户界面、良好的人机交互操作方式和高效率的分析得到了用户的好评,并为企业带来了良好的经济效益。